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Structure paper

タイトルThe architecture of respiratory supercomplexes.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 537, Issue 7622, Page 644-648, Year 2016
掲載日2016年9月29日
著者James A Letts / Karol Fiedorczuk / Leonid A Sazanov /
PubMed 要旨Mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes responsible for carrying out cellular respiration. Here we present three architectures of mammalian (ovine) ...Mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes responsible for carrying out cellular respiration. Here we present three architectures of mammalian (ovine) supercomplexes determined by cryo-electron microscopy. We identify two distinct arrangements of supercomplex CICIIICIV (the respirasome)-a major 'tight' form and a minor 'loose' form (resolved at the resolution of 5.8 Å and 6.7 Å, respectively), which may represent different stages in supercomplex assembly or disassembly. We have also determined an architecture of supercomplex CICIII at 7.8 Å resolution. All observed density can be attributed to the known 80 subunits of the individual complexes, including 132 transmembrane helices. The individual complexes form tight interactions that vary between the architectures, with complex IV subunit COX7a switching contact from complex III to complex I. The arrangement of active sites within the supercomplex may help control reactive oxygen species production. To our knowledge, these are the first complete architectures of the dominant, physiologically relevant state of the electron transport chain.
リンクNature / PubMed:27654913
手法EM (単粒子)
解像度5.8 - 7.8 Å
構造データ

8128

5j7y

EMDB-8128: Architecture of ovine respiratory supercomplex (I-III2-IV) conformation loose
PDB-5j7y: Architecture of loose respirasome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

8129

5j8k

EMDB-8129: Architecture of ovine respiratory supercomplex (I-III2)
PDB-5j8k: Architecture of supercomplex I-III2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

8130

5j4z

EMDB-8130: Architecture of ovine respiratory supercomplex (I-III2-IV) conformation tight
PDB-5j4z: Architecture of tight respirasome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

化合物

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION / 銅

ChemComp-HEA:
HEME-A / Heme A

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

由来
  • ovis aries (ヒツジ)
  • Sheep (ヒツジ)
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / membrane protein complex (生体膜) / supercomplex / respirasome / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Mitochondrial supercomplex / NADH-ubiquinone oxidoreductase / coenzyme Q-cytochrome c Oxidoreductase / cytochrome c oxidase (シトクロムcオキシダーゼ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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