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タイトルCryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 530, Issue 7590, Page 298-302, Year 2016
掲載日2016年2月18日
著者Thi Hoang Duong Nguyen / Wojciech P Galej / Xiao-Chen Bai / Chris Oubridge / Andrew J Newman / Sjors H W Scheres / Kiyoshi Nagai /
PubMed 要旨U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led ...U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led to an essentially complete atomic model comprising 30 proteins plus U4/U6 and U5 small nuclear RNAs (snRNAs). The structure reveals striking interweaving interactions of the protein and RNA components, including extended polypeptides penetrating into subunit interfaces. The invariant ACAGAGA sequence of U6 snRNA, which base-pairs with the 5'-splice site during catalytic activation, forms a hairpin stabilized by Dib1 and Prp8 while the adjacent nucleotides interact with the exon binding loop 1 of U5 snRNA. Snu114 harbours GTP, but its putative catalytic histidine is held away from the γ-phosphate by hydrogen bonding to a tyrosine in the amino-terminal domain of Prp8. Mutation of this histidine to alanine has no detectable effect on yeast growth. The structure provides important new insights into the spliceosome activation process leading to the formation of the catalytic centre.
リンクNature / PubMed:26829225 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 4.6 Å
構造データ

EMDB-8006:
The open state of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 4.2 Angstrom
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-8007:
The closed state of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP at 4.3 Angstrom
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-8008:
Combined Body and arm regions of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP by masked classification and refinement-Class 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-8009:
Combined Body and arm regions of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP by masked classification and refinement-Class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-8010:
Combined Body and arm regions of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP by masked classification and refinement-Class 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

8011

5gam

EMDB-8011, PDB-5gam:
Foot region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

8012

5gan

EMDB-8012, PDB-5gan:
The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

8013

5gao

EMDB-8013, PDB-5gao:
Head region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

8014

5gap

EMDB-8014, PDB-5gap:
Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / pre-mRNA splicing / snRNP (核内低分子リボ核タンパク質) / GTPase (GTPアーゼ) / U5 snRNA (U5 snRNA) / Prp8 (Prp8) / spliceosome (スプライセオソーム) / U4/U6 snRNP / Brr2 / Snu114 / RNA-protein complex / U4/U6.U5 snRNP

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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