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タイトルAn interbacterial NAD(P)(+) glycohydrolase toxin requires elongation factor Tu for delivery to target cells.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 163, Issue 3, Page 607-619, Year 2015
掲載日2015年10月22日
著者John C Whitney / Dennis Quentin / Shin Sawai / Michele LeRoux / Brittany N Harding / Hannah E Ledvina / Bao Q Tran / Howard Robinson / Young Ah Goo / David R Goodlett / Stefan Raunser / Joseph D Mougous /
PubMed 要旨Type VI secretion (T6S) influences the composition of microbial communities by catalyzing the delivery of toxins between adjacent bacterial cells. Here, we demonstrate that a T6S integral membrane ...Type VI secretion (T6S) influences the composition of microbial communities by catalyzing the delivery of toxins between adjacent bacterial cells. Here, we demonstrate that a T6S integral membrane toxin from Pseudomonas aeruginosa, Tse6, acts on target cells by degrading the universally essential dinucleotides NAD(+) and NADP(+). Structural analyses of Tse6 show that it resembles mono-ADP-ribosyltransferase proteins, such as diphtheria toxin, with the exception of a unique loop that both excludes proteinaceous ADP-ribose acceptors and contributes to hydrolysis. We find that entry of Tse6 into target cells requires its binding to an essential housekeeping protein, translation elongation factor Tu (EF-Tu). These proteins participate in a larger assembly that additionally directs toxin export and provides chaperone activity. Visualization of this complex by electron microscopy defines the architecture of a toxin-loaded T6S apparatus and provides mechanistic insight into intercellular membrane protein delivery between bacteria.
リンクCell / PubMed:26456113 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.401 - 21.5 Å
構造データ

EMDB-3112:
Negative stain EM structure of the Tse6-Tsi6-VgrG1-EF-Tu complex in detergent
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.4 Å

EMDB-3113:
Negative stain EM structure of the Tse6-Tsi6-VgrG1-EagT6-EF-Tu complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.5 Å

PDB-4zuy:
Structure of Tsi6 from Pseudomonas aeruginosa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.952 Å

PDB-4zv0:
Structure of Tse6 in complex with Tsi6
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.401 Å

PDB-4zv4:
Structure of Tse6 in complex with EF-Tu
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.504 Å

化合物

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-IOD:
IODIDE ION / ヨ-ジド

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • pseudomonas aeruginosa (strain atcc 15692 / pao1 / 1c / prs 101 / lmg 12228) (緑膿菌)
  • pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
キーワードPROTEIN BINDING / 4-helix bundle / bacterial type VI secretion immunity protein / Tse6 immunity protein / T6SS effector-immunity pair / TRANSLATION / T6SS effector / translation elongation factor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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