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タイトルCombination of X-ray crystallography, SAXS and DEER to obtain the structure of the FnIII-3,4 domains of integrin α6β4.
ジャーナル・号・ページActa Crystallogr D Biol Crystallogr, Vol. 71, Issue Pt 4, Page 969-985, Year 2015
掲載日2015年3月27日
著者Noelia Alonso-García / Inés García-Rubio / José A Manso / Rubén M Buey / Hector Urien / Arnoud Sonnenberg / Gunnar Jeschke / José M de Pereda /
PubMed 要旨Integrin α6β4 is a major component of hemidesmosomes that mediate the stable anchorage of epithelial cells to the underlying basement membrane. Integrin α6β4 has also been implicated in cell ...Integrin α6β4 is a major component of hemidesmosomes that mediate the stable anchorage of epithelial cells to the underlying basement membrane. Integrin α6β4 has also been implicated in cell proliferation and migration and in carcinoma progression. The third and fourth fibronectin type III domains (FnIII-3,4) of integrin β4 mediate binding to the hemidesmosomal proteins BPAG1e and BPAG2, and participate in signalling. Here, it is demonstrated that X-ray crystallography, small-angle X-ray scattering and double electron-electron resonance (DEER) complement each other to solve the structure of the FnIII-3,4 region. The crystal structures of the individual FnIII-3 and FnIII-4 domains were solved and the relative arrangement of the FnIII domains was elucidated by combining DEER with site-directed spin labelling. Multiple structures of the interdomain linker were modelled by Monte Carlo methods complying with DEER constraints, and the final structures were selected against experimental scattering data. FnIII-3,4 has a compact and cambered flat structure with an evolutionary conserved surface that is likely to correspond to a protein-interaction site. Finally, this hybrid method is of general application for the study of other macromolecules and complexes.
リンクActa Crystallogr D Biol Crystallogr / PubMed:25849406 / PubMed Central
手法SAS (X-ray synchrotron) / X線回折
解像度1.5 - 1.606 Å
構造データ

SASDAT6:
Integrin beta4, fragment of the cytoplasmic region encompassing the third and fourth FnIII domains
手法: SAXS/SANS

PDB-4wtw:
Crystal structure of the third FnIII domain of integrin beta4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.606 Å

PDB-4wtx:
Crystal structure of the fourth FnIII domain of integrin beta4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-1PE:
PENTAETHYLENE GLYCOL / ペンタエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCELL ADHESION / IMMUNOGLOBULIN FOLD / FIBRONECTIN TYPE III / INTEGRIN / RECEPTOR

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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