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タイトルA quasi-atomic model of human adenovirus type 5 capsid.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 24, Issue 9, Page 1645-1654, Year 2005
掲載日2005年5月4日
著者Céline M S Fabry / Manuel Rosa-Calatrava / James F Conway / Chloé Zubieta / Stephen Cusack / Rob W H Ruigrok / Guy Schoehn /
PubMed 要旨Adenoviruses infect a wide range of vertebrates including humans. Their icosahedral capsids are composed of three major proteins: the trimeric hexon forms the facets and the penton, a noncovalent ...Adenoviruses infect a wide range of vertebrates including humans. Their icosahedral capsids are composed of three major proteins: the trimeric hexon forms the facets and the penton, a noncovalent complex of the pentameric penton base and trimeric fibre proteins, is located at the 12 capsid vertices. Several proteins (IIIa, VI, VIII and IX) stabilise the capsid. We have obtained a 10 A resolution map of the human adenovirus 5 by image analysis from cryo-electron micrographs (cryoEMs). This map, in combination with the X-ray structures of the penton base and hexon, was used to build a quasi-atomic model of the arrangement of the two major capsid components and to analyse the hexon-hexon and hexon-penton interactions. The secondary proteins, notably VIII, were located by comparing cryoEM maps of native and pIX deletion mutant virions. Minor proteins IX and IIIa are located on the outside of the capsid, whereas protein VIII is organised with a T=2 lattice on the inner face of the capsid. The capsid organisation is compared with the known X-ray structure of bacteriophage PRD1.
リンクEMBO J / PubMed:15861131 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度10 - 22.0 Å
構造データ

1111

4v4u

EMDB-1111: A quasi-atomic model of human adenovirus type 5 capsid.
PDB-4v4u: The quasi-atomic model of Human Adenovirus type 5 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

1112

4v4u

EMDB-1112: A quasi-atomic model of human adenovirus type 5 capsid.
PDB-4v4u: The quasi-atomic model of Human Adenovirus type 5 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.5 Å

1113

4v4u

EMDB-1113: A quasi-atomic model of human adenovirus type 5 capsid.
PDB-4v4u: The quasi-atomic model of Human Adenovirus type 5 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.3 Å

由来
  • human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
  • human adenovirus type 5 (ヒトアデノウイルス)
  • human adenovirus type 2 (ヒトアデノウイルス)
キーワードVIRUS / ADENOVIRUS / MINOR CAPSID PROTEIN / QUASI ATOMIC

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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