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タイトルStructural model of the cytosolic domain of the plant ethylene receptor 1 (ETR1).
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 290, Issue 5, Page 2644-2658, Year 2015
掲載日2015年1月30日
著者Hubert Mayerhofer / Saravanan Panneerselvam / Heidi Kaljunen / Anne Tuukkanen / Haydyn D T Mertens / Jochen Mueller-Dieckmann /
PubMed 要旨Ethylene initiates important aspects of plant growth and development through disulfide-linked receptor dimers located in the endoplasmic reticulum. The receptors feature a small transmembrane, ...Ethylene initiates important aspects of plant growth and development through disulfide-linked receptor dimers located in the endoplasmic reticulum. The receptors feature a small transmembrane, ethylene binding domain followed by a large cytosolic domain, which serves as a scaffold for the assembly of large molecular weight complexes of different ethylene receptors and other cellular participants of the ethylene signaling pathway. Here we report the crystallographic structures of the ethylene receptor 1 (ETR1) catalytic ATP-binding and the ethylene response sensor 1 dimerization histidine phosphotransfer (DHp) domains and the solution structure of the entire cytosolic domain of ETR1, all from Arabidopsis thaliana. The isolated dimeric ethylene response sensor 1 DHp domain is asymmetric, the result of different helical bending angles close to the conserved His residue. The structures of the catalytic ATP-binding, DHp, and receiver domains of ethylene receptors and of a homologous, but dissimilar, GAF domain were refined against experimental small angle x-ray scattering data, leading to a structural model of the entire cytosolic domain of the ethylene receptor 1. The model illustrates that the cytosolic domain is shaped like a dumbbell and that the receiver domain is flexible and assumes a position different from those observed in prokaryotic histidine kinases. Furthermore the cytosolic domain of ETR1 plays a key role, interacting with all other receptors and several participants of the ethylene signaling pathway. Our model, therefore, provides the first step toward a detailed understanding of the molecular mechanics of this important signal transduction process in plants.
リンクJ Biol Chem / PubMed:25451923 / PubMed Central
手法SAS (X-ray synchrotron) / X線回折
解像度1.9 - 2.15 Å
構造データ

SASDC42: Ethylene Receptor 1 Cytosolic Domain (Ethylene Receptor 1, ETR1(-ΔTM))
手法: SAXS/SANS

SASDCA7: Ethylene Receptor 1 (DHp + CA domains) (Ethylene receptor 1 dimerization histidine phosphotransfer + catalytic ATP-binding domains, ETR1_DHp-CA)
手法: SAXS/SANS

PDB-4mt8:
Structure of the ERS1 dimerization and histidine phosphotransfer domain from Arabidopsis thaliana
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-4mtx:
Structure of the ERS1 dimerization and histidine phosphotransfer domain from Arabidopsis thaliana
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-4pl9:
Structure of the catalytic domain of ETR1 from Arabidopsis thaliana
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CD:
Unknown entry

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードTRANSFERASE / Four helix bundle / Histidine kinase / CTR1 / ER Membrane / ETR1 / ethylene receptor / Cadmium / ADP

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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