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タイトルStructural comparison of four different antibodies interacting with human papillomavirus 16 and mechanisms of neutralization.
ジャーナル・号・ページVirology, Vol. 483, Page 253-263, Year 2015
掲載日2015年5月19日
著者Jian Guan / Stephanie M Bywaters / Sarah A Brendle / Hyunwook Lee / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Neil D Christensen / Susan Hafenstein /
PubMed 要旨Cryo-electron microscopy (cryo-EM) was used to solve the structures of human papillomavirus type 16 (HPV16) complexed with fragments of antibody (Fab) from three different neutralizing monoclonals ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) was used to solve the structures of human papillomavirus type 16 (HPV16) complexed with fragments of antibody (Fab) from three different neutralizing monoclonals (mAbs): H16.1A, H16.14J, and H263.A2. The structure-function analysis revealed predominantly monovalent binding of each Fab with capsid interactions that involved multiple loops from symmetry related copies of the major capsid protein. The residues identified in each Fab-virus interface map to a conformational groove on the surface of the capsomer. In addition to the known involvement of the FG and HI loops, the DE loop was also found to constitute the core of each epitope. Surprisingly, the epitope mapping also identified minor contributions by EF and BC loops. Complementary immunological assays included mAb and Fab neutralization. The specific binding characteristics of mAbs correlated with different neutralizing behaviors in pre- and post-attachment neutralization assays.
リンクVirology / PubMed:25996608 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度13.0 - 14.0 Å
構造データ

5990

3j8z

EMDB-5990: Electron cryo-microscopy of quasi-human papillomavirus 16 complexed with Fab H16.1A
PDB-3j8z: Cryo-EM reconstruction of quasi-HPV16 complex with H16.1A Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.0 Å

6121

3j8v

EMDB-6121: Cryo-EM reconstruction of quasi-HPV16 complexed with H16.14J Fab
PDB-3j8v: Cryo-EM reconstruction of quasi-HPV16 complex with H16.14J Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.9 Å

6184

3j8w

EMDB-6184: Cryo-EM reconstruction of quasi-HPV16 complexed with H263.A2 Fab
PDB-3j8w: Cryo-EM reconstruction of quasi-HPV16 complex with H263.A2 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.0 Å

由来
  • unidentified (未定義)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / L1 pentamer / quasi-HPV16 / L1 capsomer / Rosie online / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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