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Structure paper

タイトルFlexible interwoven termini determine the thermal stability of thermosomes.
ジャーナル・号・ページProtein Cell, Vol. 4, Issue 6, Page 432-444, Year 2013
掲載日2013年5月25日
著者Kai Zhang / Li Wang / Yanxin Liu / Kwok-Yan Chan / Xiaoyun Pang / Klaus Schulten / Zhiyang Dong / Fei Sun /
PubMed 要旨Group II chaperonins, which assemble as double-ring complexes, assist in the refolding of nascent peptides or denatured proteins in an ATP-dependent manner. The molecular mechanism of group II ...Group II chaperonins, which assemble as double-ring complexes, assist in the refolding of nascent peptides or denatured proteins in an ATP-dependent manner. The molecular mechanism of group II chaperonin assembly and thermal stability is yet to be elucidated. Here, we selected the group II chaperonins (cpn-α and cpn-β), also called thermosomes, from Acidianus tengchongensis and investigated their assembly and thermal stability. We found that the binding of ATP or its analogs contributed to the successful assembly of thermosomes and enhanced their thermal stabilities. Cpn-β is more thermally stable than cpn-α, while the thermal stability of the hetero thermosome cpn-αβ is intermediate. Cryo-electron microscopy reconstructions of cpn-α and cpn-β revealed the interwoven densities of their non-conserved flexible N/C-termini around the equatorial planes. The deletion or swapping of their termini and pH-dependent thermal stability assays revealed the key role of the termini electrostatic interactions in the assembly and thermal stability of the thermosomes.
リンクProtein Cell / PubMed:23709365 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.9 - 9.1 Å
構造データ

5391

3j1b

EMDB-5391: 8-fold symmetric rATcpn-alpha in apo state
PDB-3j1b: Cryo-EM structure of 8-fold symmetric rATcpn-alpha in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

5392

3j1c

EMDB-5392: 9-fold symmetric rATcpn-alpha in apo state
PDB-3j1c: Cryo-EM structure of 9-fold symmetric rATcpn-alpha in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.1 Å

5395

3j1e

EMDB-5395: 9-fold symmetric rATcpn-beta in apo state
PDB-3j1e: Cryo-EM structure of 9-fold symmetric rATcpn-beta in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.3 Å

5396

3j1f

EMDB-5396: 9-fold symmetric rATcpn-beta in ATP-binding state
PDB-3j1f: Cryo-EM structure of 9-fold symmetric rATcpn-beta in ATP-binding state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • acidianus tengchongensis (アキディアヌス属)
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / Group II chaperonin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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