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タイトルStructural conservation of the myoviridae phage tail sheath protein fold.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 19, Issue 12, Page 1885-1894, Year 2011
掲載日2011年12月7日
著者Anastasia A Aksyuk / Lidia P Kurochkina / Andrei Fokine / Farhad Forouhar / Vadim V Mesyanzhinov / Liang Tong / Michael G Rossmann /
PubMed 要旨Bacteriophage phiKZ is a giant phage that infects Pseudomonas aeruginosa, a human pathogen. The phiKZ virion consists of a 1450 Å diameter icosahedral head and a 2000 Å-long contractile tail. The ...Bacteriophage phiKZ is a giant phage that infects Pseudomonas aeruginosa, a human pathogen. The phiKZ virion consists of a 1450 Å diameter icosahedral head and a 2000 Å-long contractile tail. The structure of the whole virus was previously reported, showing that its tail organization in the extended state is similar to the well-studied Myovirus bacteriophage T4 tail. The crystal structure of a tail sheath protein fragment of phiKZ was determined to 2.4 Å resolution. Furthermore, crystal structures of two prophage tail sheath proteins were determined to 1.9 and 3.3 Å resolution. Despite low sequence identity between these proteins, all of these structures have a similar fold. The crystal structure of the phiKZ tail sheath protein has been fitted into cryo-electron-microscopy reconstructions of the extended tail sheath and of a polysheath. The structural rearrangement of the phiKZ tail sheath contraction was found to be similar to that of phage T4.
リンクStructure / PubMed:22153511 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.3996 - 19.0 Å
構造データ

5331

3j0i

EMDB-5331: The cryoEM structure of the bacteriophage phiKZ polysheath
PDB-3j0i: Fitting of the phiKZ gp29PR structure into the cryo-EM density map of the phiKZ polysheath
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

5332

3j0h

EMDB-5332: The cryoEM structure of the bacteriophage phiKZ polysheath
PDB-3j0h: Fitting of the bacteriophage phiKZ gp29PR structure into the cryo-EM density map of the phiKZ extended tail sheath
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

PDB-3spe:
Crystal structure of the tail sheath protein protease resistant fragment from bacteriophage phiKZ
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3996 Å

化合物

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • pseudomonas phage phikz (ファージ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / bacteriophage tail sheath

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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