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キーワード
構造解析手法	All X線回折 NMR 電子顕微鏡小角散乱中性子線回折線維回折粉末回折赤外分光 EPR FRET 理論モデルハイブリッド
著者・登録者
ジャーナル
IF	>30 >20 >10 >5 all

タイトル	Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
ジャーナル・号・ページ	J. Mol. Biol., Vol. 394, Page 747-763, Year 2009
掲載日	2009年6月11日 (構造データの登録日)
著者	Boyce, S.E. / Mobley, D.L. / Rocklin, G.J. / Graves, A.P. / Dill, K.A. / Shoichet, B.K.
リンク	J. Mol. Biol. / PubMed:19782087
手法	X線回折
解像度	1.26 - 2.02 Å
構造データ	PDB-3ht6: 2-methylphenol in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å PDB-3ht7: 2-ethylphenol in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å PDB-3ht8: 5-chloro-2-methylphenol in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å PDB-3ht9: 2-methoxyphenol in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.02 Å PDB-3htb: 2-propylphenol in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.81 Å PDB-3htd: (Z)-Thiophene-2-carboxaldoxime in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å PDB-3htf: 4-chloro-1h-pyrazole in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å PDB-3htg: 2-ethoxy-3,4-dihydro-2h-pyran in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.26 Å PDB-3hu8: 2-ethoxyphenol in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å PDB-3hu9: Nitrosobenzene in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.46 Å PDB-3hua: 4,5,6,7-tetrahydroindole in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å PDB-3huk: Benzylacetate in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.29 Å PDB-3huq: Thieno[3,2-b]thiophene in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å
化合物	ChemComp-PO4: PHOSPHATE ION / ホスファ-ト ChemComp-JZ0: o-cresol / o-クレゾ-ル ChemComp-HOH: WATER ChemComp-JZ1: 2-ethylphenol / 2-エチルフェノ-ル ChemComp-BME: BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル ChemComp-JZ2: 5-chloro-2-methylphenol / 2-メチル-5-クロロフェノ-ル ChemComp-JZ3: Guaiacol / グアイアコ-ル ChemComp-JZ4: 2-propylphenol / 2-プロピルフェノ-ル ChemComp-JZ5: (NZ)-N-(thiophen-2-ylmethylidene)hydroxylamine ChemComp-JZ6: 4-chloro-1H-pyrazole / 4-クロロ-1H-ピラゾ-ル ChemComp-JZ7: (2S)-2-ethoxy-3,4-dihydro-2H-pyran ChemComp-261: 2-ethoxyphenol / 2-エトキシフェノ-ル ChemComp-NBE: NITROSOBENZENE / ニトロソベンゼン ChemComp-JZ9: 4,5,6,7-tetrahydro-1H-indole / 4,5,6,7-テトラヒドロ-1H-インド-ル ChemComp-J0Z: benzyl acetate / 酢酸ベンジル ChemComp-J1Z: thieno[3,2-b]thiophene / チエノ[3,2-b]チオフェン
由来	enterobacteria phage t4 (ファージ)
キーワード	HYDROLASE / GLYCOSIDASE / BACTERIOLYTIC ENZYME / Antimicrobial