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Structure paper

タイトルRescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
ジャーナル・号・ページJ. Mol. Biol., Vol. 377, Page 914-934, Year 2008
掲載日2007年9月17日 (構造データの登録日)
著者Graves, A.P. / Shivakumar, D.M. / Boyce, S.E. / Jacobson, M.P. / Case, D.A. / Shoichet, B.K.
リンクJ. Mol. Biol. / PubMed:18280498
手法X線回折
解像度1.24 - 2.49 Å
構造データ

PDB-2ray:
beta-chlorophenetole in complex with T4 lysozyme L99A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.798 Å

PDB-2raz:
4-(methylthio)nitrobenzene in complex with T4 lysozyme L99A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.641 Å

PDB-2rb0:
2,6-difluorobenzylbromide complex with T4 lysozyme L99A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-2rb1:
2-ethoxyphenol in complex with T4 lysozyme L99A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-2rb2:
3-methylbenzylazide in complex with T4 lysozyme L99A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.463 Å

PDB-2rbn:
N-phenylglycinonitrile in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.29 Å

PDB-2rbo:
2-nitrothiophene in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.29 Å

PDB-2rbp:
2-(n-propylthio)ethanol in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.467 Å

PDB-2rbq:
3-methylbenzylazide in complex with T4 L99A/M102Q
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.633 Å

PDB-2rbr:
2-phenoxyethanol in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.433 Å

PDB-2rbs:
(r)(+)-3-chloro-1-phenyl-1-propanol in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.557 Å

PDB-2rbt:
n-methylbenzylamine in complex with Cytochrome C Peroxidase W191G
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.24 Å

PDB-2rbu:
Cytochrome C Peroxidase in complex with cyclopentane-carboximidamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-2rbv:
Cytochrome C Peroxidase in complex with (1-methyl-1h-pyrrol-2-yl)-methylamine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.39 Å

PDB-2rbw:
Cytochrome C Peroxidase W191G in complex with 1,2-dimethyl-1h-pyridin-5-amine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-2rbx:
Cytochrome C Peroxidase W191G in complex with pyrimidine-2,4,6-triamine.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-2rby:
1-methyl-5-imidazolecarboxaldehyde in complex with Cytochrome C Peroxidase W191G
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-2rbz:
Cytochrome C Peroxidase W191G in complex 3-methoxypyridine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-2rc0:
Cytochrome C Peroxidase W191G in complex with 2-imino-4-methylpiperdine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-2rc1:
Cytochrome C Peroxidase W191G in complex with 2,4,5-trimethyl-3-oxazoline
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.49 Å

PDB-2rc2:
Cytochrome C Peroxidase W191G in complex with 1-methyl-2-vinyl-pyridinium
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

化合物

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-258:
(2-chloroethoxy)benzene / フェニル2-クロロエチルエ-テル

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-259:
1-(methylsulfanyl)-4-nitrobenzene

ChemComp-260:
2-(bromomethyl)-1,3-difluorobenzene / 1,3-ジフルオロ-2-(ブロモメチル)ベンゼン

ChemComp-261:
2-ethoxyphenol / 2-エトキシフェノ-ル

ChemComp-263:
1-(azidomethyl)-3-methylbenzene / 3-メチルベンジルアザイド

ChemComp-264:
(phenylamino)acetonitrile / アニリノアセトニトリル

ChemComp-265:
2-nitrothiophene

ChemComp-266:
2-(propylsulfanyl)ethanol / 2-(プロピルチオ)エタノ-ル

ChemComp-268:
2-phenoxyethanol / 2-フェノキシエタノ-ル / フェノキシエタノール

ChemComp-269:
(1R)-3-chloro-1-phenylpropan-1-ol / (R)-1-フェニル-3-クロロ-1-プロパノ-ル

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

ChemComp-271:
N-methyl-1-phenylmethanamine / N-メチルベンジルアミン

ChemComp-MPD:
(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM / 2-Methyl-2,4-pentanediol

ChemComp-273:
cyclopentanecarboximidamide / シクロペンタンカルボアミジン

ChemComp-278:
1-(1-methyl-1H-pyrrol-2-yl)methanamine / 1-メチル-1H-ピロ-ル-2-メタンアミン

ChemComp-275:
5-amino-1,2-dimethylpyridinium

ChemComp-3AY:
PYRIMIDINE-2,4,6-TRIAMINE / 2,4,6-トリアミノピリミジン

ChemComp-280:
1-methyl-1H-imidazole-5-carbaldehyde / 1-メチル-1H-イミダゾ-ル-5-カルボアルデヒド

ChemComp-282:
3-methoxypyridine / 3-メトキシピリジン

ChemComp-284:
(4S)-4-methyl-1,4,5,6-tetrahydropyridin-2-amine

ChemComp-285:
(2R,4R,5R)-2,4,5-trimethyl-1,3-oxazolidine

ChemComp-286:
2-ethenyl-1-methylpyridinium / 1-メチル-2-ビニルピリジニウム

由来
  • enterobacteria phage t4 (ファージ)
  • bacteriophage t4 (ファージ)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / protein cavities / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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