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Structure paper

タイトルEnsemble refinement of protein crystal structures: validation and application.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 15, Page 1040-1052, Year 2007
掲載日2007年5月30日 (構造データの登録日)
著者Levin, E.J. / Kondrashov, D.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips, G.N.
リンクStructure / PubMed:17850744
手法X線回折
解像度1.15 - 3.3 Å
構造データ

PDB-2q3m:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of an Arabidopsis thaliana putative steroid sulphotransferase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-2q3o:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of 12-oxo-phytodienoate reductase isoform 3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-2q3p:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of At3g17210 from Arabidopsis thaliana
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-2q3q:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of At1g24000 from Arabidopsis thaliana
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-2q3r:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of At1g76680 from Arabidopsis thaliana
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-2q3s:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At5g06450
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-2q3t:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At3g22680
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-2q3u:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At5g08170, agmatine iminohydrolase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.53 Å

PDB-2q3v:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At2g34160
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-2q3w:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of the cys84ala cys85ala double mutant of the [2Fe-2S] ferredoxin subunit of toluene-4-monooxygenase from Pseudomonas mendocina KR1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.48 Å

PDB-2q40:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At2g17340
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-2q41:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of spermidine synthase from Arabidopsis thaliana gene At1g23820
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-2q42:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of glyoxalase II from Arabidopsis thaliana gene At2g31350
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.742 Å

PDB-2q43:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of IAA-aminoacid hydrolase from Arabidopsis thaliana gene At5g56660
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-2q44:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At1g77540
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-2q45:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of putative tropinone reductase from Arabidopsis thaliana gene At1g07440
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-2q46:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At5g02240
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-2q47:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of a putative phosphoprotein phosphatase from Arabidopsis thaliana gene At1g05000
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-2q48:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At5g48480
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-2q49:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At2g19940
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.19 Å

PDB-2q4a:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At3g21360
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.39 Å

PDB-2q4b:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of selenomethionyl gene product from Arabidopsis thaliana At5g02240 in space group P21212
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.096 Å

PDB-2q4c:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of annexin from Arabidopsis thaliana gene At1g35720
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.508 Å

PDB-2q4d:
Ensemble refinement of the crystal structure of a lysine decarboxylase-like protein from Arabidopsis thaliana gene At5g11950
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.152 Å

PDB-2q4e:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At4g09670
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.49 Å

PDB-2q4f:
Ensemble refinement of the crystal structure of putative histidine-containing phosphotransfer protein from rice, Ak104879
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-2q4h:
Ensemble refinement of the crystal structure of GALT-like protein from Arabidopsis thaliana At5g18200
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.834 Å

PDB-2q4i:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of allene oxide cyclase from Arabidopsis thaliana At3g25770
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.71 Å

PDB-2q4j:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At3g03250, a putative UDP-glucose pyrophosphorylase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.863 Å

PDB-2q4k:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Homo sapiens Hs.433573
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-2q4l:
Ensemble refinement of the crystal structure of GALT-like protein from Arabidopsis thaliana At5g18200
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-2q4m:
Ensemble refinement of the crystal structure of protein from Arabidopsis thaliana At5g01750
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-2q4n:
Ensemble refinement of the crystal structure of protein from Arabidopsis thaliana At1g79260
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.32 Å

PDB-2q4o:
Ensemble refinement of the crystal structure of a lysine decarboxylase-like protein from Arabidopsis thaliana gene At2g37210
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-2q4p:
Ensemble refinement of the crystal structure of protein from Mus musculus Mm.29898
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.32 Å

PDB-2q4q:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Homo sapiens Hs.95870
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.59 Å

PDB-2q4r:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of human phosphomannomutase 2 (PMM2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.09 Å

PDB-2q4s:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of cysteine dioxygenase type I from Mus musculus Mm.241056
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-2q4t:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of a cytosolic 5'-nucleotidase III from Mus musculus Mm.158936
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.35 Å

PDB-2q4u:
Ensemble refinement of the crystal structure of an EF-hand protein from Danio rerio Dr.36843
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-2q4v:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of thialysine n-acetyltransferase (SSAT2) from Homo sapiens
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.842 Å

PDB-2q4x:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At3g16990
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-2q4y:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of At1g77540-coenzyme A complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.06 Å

PDB-2q4z:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of an aspartoacylase from Rattus norvegicus
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-2q50:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of a glyoxylate/hydroxypyruvate reductase from Homo sapiens
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.45 Å

PDB-2q51:
Ensemble refinement of the protein crystal structure of an aspartoacylase from Homo sapiens
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-2q52:
Ensemble refinement of the crystal structure of a glycolipid transfer-like protein from Galdieria sulphuraria
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.38 Å

化合物

ChemComp-MLA:
MALONIC ACID / マロン酸

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-CPS:
3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / 可溶化剤*YM

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-MPO:
3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS / pH緩衝剤*YM

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-NO3:
NITRATE ION

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-FE:
Unknown entry

ChemComp-ACY:
ACETIC ACID / 酢酸

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

ChemComp-BR:
BROMIDE ION / ブロミド

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM

ChemComp-GLY:
GLYCINE / グリシン

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / pH緩衝剤*YM

ChemComp-ACO:
ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)

ChemComp-HMH:
4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE / 2-メチル-4-アミノピリミジン-5-メタノ-ル

ChemComp-COA:
COENZYME A / CoA

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
  • pseudomonas mendocina (バクテリア)
  • oryza sativa (イネ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • danio rerio (ゼブラフィッシュ)
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • galdieria sulphuraria (真核生物)
キーワードTRANSFERASE / Ensemble Refinement / Refinement Methodology Development / Steroid Sulphotransferase / Apo / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / OXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / flavoenzyme / xenobiotic reductase / old yellow enzyme / secondary messenger / UNKNOWN FUNCTION / PLANT PROTEIN / Protein / homohexamer / At5g06450 / HYDROLASE / At5g08170 / POLYAMINE BIOSYNTHESIS / AGMATINE IMINOHYDROLASE / AIH / AGMATINE DEIMINASE / N-CARBAMOYLPUTRESCINE / PUTRESCINE / At2g34160 / Nitrate / ELECTRON TRANSPORT / FERREDOXIN / FES / [2FE-2S] CLUSTER / RIESKE PROTEIN / TOLUENE-4-MONOOXYGENASE SUBUNIT / AT2G17340 / AT1G23820 / PUTRESCINE AMINOPROPYL TRANSFERASE / SPERMIDINE SYNTHASE / SPDS1 / POLYAMINE / AT2G31350 / METALLO-HYDROLASE / ZINC/IRON BINUCLEAR CENTER / B-LACTAMASE FOLD / THIOESTER HYDROLASE / mitochondrial isozyme / AT5G56660 / ILL2 / indole-3-acetic acid / auxin / AT1G77540 / PUTATIVE ACETYLTRANSFERASE / AT1G07440 / REDUCTIVELY METHYLATED PROTEIN / PUTATIVE TROPINONE REDUCTASE / AT5G02240 / NADP / AT1G05000 / phosphoprotein phosphatase / AT5G48480 / CATH 3.10.180 FOLD / DIMER / AT2G19940 / CATH 3.40.50 FOLD / SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY / TETRAMER / AT3G21360 / METAL BINDING PROTEIN / AT1G35720 / ANNEXIN / MEMBRANE-BINDING / CALCIUM-BINDING / AT5G11950 / LYSINE DECARBOXYLASE-LIKE PROTEIN / AT4G09670 / SIGNALING PROTEIN / AK104879 / PHOSPHORELAY MEDIATOR / HP1 / GALT / AMP / ISOMERASE / AT3G25770 / jasmonic acid biosynthesis / AT3G03250 / PUTATIVE UDP-GLUCOSE PYROPHOSPHORYLASE / Hs.433573 / P5326 / BLES03 / BC010512 / AT5G18200 / AT5G01750 / PFAM PF01167 / TULP / AT1G79260 / AT2G37210 / MM.29898 / BC004623 / 2410015N17RIK / HS.95870 / DUF498 / HS.459855 / HS.313504 / BC008310 / PHOSPHATASE / PFAM PF03332 / HAD SUPERFAMILY / JAECKEN DISEASE / CARBOHYDRATE-DEFICIENT GLYCOPROTEIN SYNDROME / Mm.241056 / pfam05995.2 CDO_I / BC013638 / CUPIN FAMILY / UMPH-1 / CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE III / NT5C3 PROTEIN / AAH38029 / BC038029 / MM.158936 / Dr.36843 / BC083168 / CALICIUM BINDING / EF-HAND SUPERFAMILY / SSAT2 / BC011751 / AAH11751 / THIALYSINE N-ACETYLTRANSFERASE / TENA_THI-4 DOMAIN / TENA/THI-4/PQQC FAMILY / AT3G16990 / CoA / Coenzyme-A / COG2388 Family / acetyltransferase / Aspartoacylase family / Aminoacylase-2 / ACY-2 / ACY2_RAT / Q9UBQ7 / Glyoxylate reductase / hydroxypyruvate reductase / Canavan disease / N-acetyl-L-aspartate / Zinc-dependent hydrolase / ACY2 / ASPA / GLTP superfamily / GLTP-like

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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