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タイトルCrystallographic evidence for a new ensemble of ligand-induced allosteric transitions in hemoglobin: the T-to-T(high) quaternary transitions.
ジャーナル・号・ページBiochemistry, Vol. 44, Page 6101-6121, Year 2005
掲載日2004年11月8日 (構造データの登録日)
著者Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Arnone, A.
リンクBiochemistry / PubMed:15835899
手法X線回折
解像度1.8 - 4.5 Å
構造データ

PDB-1xxt:
The T-to-T High Transitions in Human Hemoglobin: wild-type deoxy Hb A (low salt, one test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å

PDB-1xy0:
T-to-THigh Transitions in Human Hemoglobin: alphaK40G deoxy low-salt
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.99 Å

PDB-1xz5:
T-to-THigh Quaternary Transitions in Human Hemoglobin: alphaL91A deoxy low-salt
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.11 Å

PDB-1xz7:
T-to-THigh Quaternary Transitions in Human Hemoglobin: alphaR92A deoxy low-salt
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-1xzu:
T-to-THigh Quaternary Transitions in Human Hemoglobin: alphaD94G deoxy low-salt
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.16 Å

PDB-1xzv:
T-to-THigh Quaternary Transitions in Human Hemoglobin: alphaP95A deoxy low-salt
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.11 Å

PDB-1y09:
T-to-T(High) Quaternary Transitions in Human Hemoglobin: alphaN97A deoxy low-salt
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-1y0a:
T-to-THigh Quaternary Transitions in Human Hemoglobin: alphaY140A deoxy low-salt
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.22 Å

PDB-1y0c:
T-to-THigh Quaternary Transitions in Human Hemoglobin: alphaY140F deoxy low-salt
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-1y0d:
T-to-THigh Quaternary Transitions in Human Hemoglobin: desArg141alpha deoxy low-salt
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-1y0t:
T-to-T(High) Quaternary Transitions in Human Hemoglobin: betaV1M deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.14 Å

PDB-1y0w:
T-to-THigh quaternary Transitions in Human Hemoglobin: betaV1M deoxy low-salt (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.14 Å

PDB-1y22:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaV33A deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.16 Å

PDB-1y2z:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaV34G deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.07 Å

PDB-1y31:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaY35A deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.13 Å

PDB-1y35:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaY35F deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.12 Å

PDB-1y45:
T-To-T(high) quaternary transitions in human hemoglobin: betaP36A deoxy low-salt (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-1y46:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaW37Y deoxy low-salt (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.22 Å

PDB-1y4b:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaW37H deoxy low-salt (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-1y4f:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaW37A deoxy low-salt (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-1y4g:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaW37G deoxy low-salt (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å

PDB-1y4p:
T-To-T(high) quaternary transitions in human hemoglobin: betaW37E deoxy low-salt (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-1y4q:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaF42A deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.11 Å

PDB-1y4r:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaF45A deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.22 Å

PDB-1y4v:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaC93A deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-1y5f:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaL96A deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.14 Å

PDB-1y5j:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaH97A deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.03 Å

PDB-1y5k:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaD99A deoxy low-salt (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-1y7c:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaP100A deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-1y7d:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaP100G deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-1y7g:
T-To-T(high) quaternary transitions in human hemoglobin: betaN102A deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-1y7z:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaN108A deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-1y83:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaY145G deoxy low-salt (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-1y85:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: desHIS146beta deoxy low-salt
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.13 Å

PDB-1y8w:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: alphaR92A oxy (2mM IHP, 20% PEG) (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-1ydz:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: alphaY140F oxy (2MM IHP, 20% PEG) (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-1ye0:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaV33A oxy (2MM IHP, 20% PEG) (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-1ye1:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaY35A oxy (2MM IHP, 20% PEG) (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.5 Å

PDB-1ye2:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaY35F oxy (2MM IHP, 20% PEG) (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-1yen:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaP36A oxy (2MM IHP, 20% PEG) (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-1yeo:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaW37A OXY (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.22 Å

PDB-1yeq:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaW37Y OXY (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.75 Å

PDB-1yeu:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaW37G OXY (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.12 Å

PDB-1yev:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaW37E OXY (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.11 Å

PDB-1yg5:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaW37H OXY (2MM IHP, 20% PEG) (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-1ygd:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaW37E alpha zinc beta oxy (10 TEST SETS)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.73 Å

PDB-1ygf:
T-to-T(high) quaternary transitions in human hemoglobin: betaH97A oxy (2MM IHP, 20% PEG) (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-1yh9:
T-to-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: HbA OXY (2MM IHP, 20% PEG) (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-1yhe:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: HbA OXY (5.0MM IHP, 20% PEG) (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-1yhr:
T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: HbA OXY (10.0MM IHP, 20% PEG) (10 test sets)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-1yie:
T-to-thigh quaternary transitions in human hemoglobin: betaW37A oxy (2.2MM IHP, 13% PEG) (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-1yih:
T-to-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaP100A oxy (2.2MM IHP, 20% PEG) (1 test set)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

化合物

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-OXY:
OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド

ChemComp-ZNH:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / hemoglobin tetramer / globin fold / hemoglobin mutant / globin / HEMOGLOBIN / OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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