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Structure paper

タイトルMechanistic insights into the SNARE complex disassembly.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 5, Issue 4, Page eaau8164, Year 2019
掲載日2019年4月10日
著者Xuan Huang / Shan Sun / Xiaojing Wang / Fenghui Fan / Qiang Zhou / Shan Lu / Yong Cao / Qiu-Wen Wang / Meng-Qiu Dong / Jun Yao / Sen-Fang Sui /
PubMed 要旨NSF (-ethylmaleimide-sensitive factor) and α-SNAP (α-soluble NSF attachment protein) bind to the SNARE (soluble NSF attachment protein receptor) complex, the minimum machinery to mediate membrane ...NSF (-ethylmaleimide-sensitive factor) and α-SNAP (α-soluble NSF attachment protein) bind to the SNARE (soluble NSF attachment protein receptor) complex, the minimum machinery to mediate membrane fusion, to form a 20S complex, which disassembles the SNARE complex for reuse. We report the cryo-EM structures of the α-SNAP-SNARE subcomplex and the NSF-D1D2 domain in the 20S complex at 3.9- and 3.7-Å resolutions, respectively. Combined with the biochemical and electrophysiological analyses, we find that α-SNAPs use R116 through electrostatic interactions and L197 through hydrophobic interactions to apply force mainly on two positions of the VAMP protein to execute disassembly process. Furthermore, we define the interaction between the amino terminus of the SNARE helical bundle and the pore loop of the NSF-D1 domain and demonstrate its essential role as a potential anchor for SNARE complex disassembly. Our studies provide a rotation model of α-SNAP-mediated disassembly of the SNARE complex.
リンクSci Adv / PubMed:30989110 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 8.241905 Å
構造データ

9697

6ip1

EMDB-9697, PDB-6ip1:
alpha-SNAP-SNARE subcomplex in the whole 20S complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

9698

6ip2

EMDB-9698, PDB-6ip2:
NSF-D1D2 part in the whole 20S complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-9723:
state1 of the whole 20S complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.51 Å

EMDB-9724:
state2 of the whole 20S complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.241905 Å

EMDB-9725:
state3 of the whole 20S complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.241905 Å

EMDB-9726:
state4 of the whole 20S complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.045669 Å

EMDB-9727:
state5 of the whole 20S complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.858561 Å

EMDB-9728:
state6 of the whole 20S complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.509291 Å

EMDB-9729:
the whole 20S complex at the resolution of 4.64 angstrom
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.645476 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • bos taurus (ウシ)
  • cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / membrane fusion / ATPase / HYDROLASE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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