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タイトルSubnanometer resolution cryo-EM structure of ATG9.
ジャーナル・号・ページAutophagy, Vol. 16, Issue 3, Page 575-583, Year 2020
掲載日2019年7月16日
著者Louis Tung Faat Lai / Chuanyang Yu / Jan Siu Kei Wong / Ho Sing Lo / Samir Benlekbir / Liwen Jiang / Wilson Chun Yu Lau /
PubMed 要旨Macroautophagy/autophagy is an essential process for the maintenance of cellular homeostasis by recycling macromolecules under normal and stress conditions. ATG9 (autophagy related 9) is the only ...Macroautophagy/autophagy is an essential process for the maintenance of cellular homeostasis by recycling macromolecules under normal and stress conditions. ATG9 (autophagy related 9) is the only integral membrane protein in the autophagy core machinery and has a central role in mediating autophagosome formation. In cells, ATG9 exists on mobile vesicles that traffic to the growing phagophore, providing an essential membrane source for the formation of autophagosomes. Here we report the three-dimensional structure of ATG9 from at 7.8 Å resolution, determined by single particle cryo-electron microscopy. ATG9 organizes into a homotrimer, with each protomer contributing at least six transmembrane α-helices. At the center of the trimer, the protomers interact their membrane-embedded and C-terminal cytoplasmic regions. Combined with prediction of protein contacts using sequence co-evolutionary information, the structure provides molecular insights into the ATG9 architecture and testable hypotheses for the molecular mechanism of autophagy progression regulated by ATG9. 2D: 2-dimensional; 3D: 3-dimensional; AtATG9: ATG9; Atg: autophagy-related; ATG9: autophagy-related protein 9; cryo-EM: cryo-electron microscopy; DDM: dodecyl maltoside; GraDeR: gradient-based detergent removal; LMNG: lauryl maltose-neopentyl glycol; PAS: phagophore assembly site; PtdIns3K: phosphatidylinositol 3-kinase.
リンクAutophagy / PubMed:31276439 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度9.0 Å
構造データ

EMDB-9681:
Arabidopsis thaliana ATG9
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.0 Å

由来
  • Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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