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タイトルDiscovery and structural characterization of a therapeutic antibody against coxsackievirus A10.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 4, Issue 9, Page eaat7459, Year 2018
掲載日2018年9月19日
著者Rui Zhu / Longfa Xu / Qingbing Zheng / Yanxiang Cui / Shaowei Li / Maozhou He / Zhichao Yin / Dongxiao Liu / Shuxuan Li / Zizhen Li / Zhenqin Chen / Hai Yu / Yuqiong Que / Che Liu / Zhibo Kong / Jun Zhang / Timothy S Baker / Xiaodong Yan / Z Hong Zhou / Tong Cheng / Ningshao Xia /
PubMed 要旨Coxsackievirus A10 (CVA10) recently emerged as a major pathogen of hand, foot, and mouth disease and herpangina in children worldwide, and lack of a vaccine or a cure against CVA10 infections has ...Coxsackievirus A10 (CVA10) recently emerged as a major pathogen of hand, foot, and mouth disease and herpangina in children worldwide, and lack of a vaccine or a cure against CVA10 infections has made therapeutic antibody identification a public health priority. By targeting a local isolate, CVA10-FJ-01, we obtained a potent antibody, 2G8, against all three capsid forms of CVA10. We show that 2G8 exhibited both 100% preventive and 100% therapeutic efficacy against CVA10 infection in mice. Comparisons of the near-atomic cryo-electron microscopy structures of the three forms of CVA10 capsid and their complexes with 2G8 Fab reveal that a single Fab binds a border region across the three capsid proteins (VP1 to VP3) and explain 2G8's remarkable cross-reactivities against all three capsid forms. The atomic structures of this first neutralizing antibody of CVA10 should inform strategies for designing vaccines and therapeutics against CVA10 infections.
リンクSci Adv / PubMed:30255146 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 4.3 Å
構造データ

9600

6acu

EMDB-9600, PDB-6acu:
The structure of CVA10 virus mature virion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

9601

6acw

EMDB-9601, PDB-6acw:
The structure of CVA10 virus procapsid particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

9602

6acy

EMDB-9602, PDB-6acy:
The structure of CVA10 virus A-particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

9603

6acz

EMDB-9603, PDB-6acz:
The structure of CVA10 virus A-particle from its complex with Fab 2G8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

9604

6ad0

EMDB-9604, PDB-6ad0:
The structure of CVA10 mature virion in complex with Fab 2G8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

9605

6ad1

EMDB-9605, PDB-6ad1:
The structure of CVA10 procapsid from its complex with Fab 2G8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-9606:
The structure of CVA10 virus A-particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

由来
  • coxsackievirus a10 (コクサッキーウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRUS / CVA10 / Mature virion / Icosahedral / procapsid / A-particle / immune complex / neutralizing antibody / VIRUS/IMMUNE SYSTEM / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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