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タイトルImmunogenicity and structures of a rationally designed prefusion MERS-CoV spike antigen.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 114, Issue 35, Page E7348-E7357, Year 2017
掲載日2017年8月29日
著者Jesper Pallesen / Nianshuang Wang / Kizzmekia S Corbett / Daniel Wrapp / Robert N Kirchdoerfer / Hannah L Turner / Christopher A Cottrell / Michelle M Becker / Lingshu Wang / Wei Shi / Wing-Pui Kong / Erica L Andres / Arminja N Kettenbach / Mark R Denison / James D Chappell / Barney S Graham / Andrew B Ward / Jason S McLellan /
PubMed 要旨Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) is a lineage C betacoronavirus that since its emergence in 2012 has caused outbreaks in human populations with case-fatality rates of ∼36%. ...Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) is a lineage C betacoronavirus that since its emergence in 2012 has caused outbreaks in human populations with case-fatality rates of ∼36%. As in other coronaviruses, the spike (S) glycoprotein of MERS-CoV mediates receptor recognition and membrane fusion and is the primary target of the humoral immune response during infection. Here we use structure-based design to develop a generalizable strategy for retaining coronavirus S proteins in the antigenically optimal prefusion conformation and demonstrate that our engineered immunogen is able to elicit high neutralizing antibody titers against MERS-CoV. We also determined high-resolution structures of the trimeric MERS-CoV S ectodomain in complex with G4, a stem-directed neutralizing antibody. The structures reveal that G4 recognizes a glycosylated loop that is variable among coronaviruses and they define four conformational states of the trimer wherein each receptor-binding domain is either tightly packed at the membrane-distal apex or rotated into a receptor-accessible conformation. Our studies suggest a potential mechanism for fusion initiation through sequential receptor-binding events and provide a foundation for the structure-based design of coronavirus vaccines.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:28807998 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.57 - 11.5 Å
構造データ

EMDB-8783: MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing antibody G4
PDB-5w9h: MERS S ectodomain trimer in complex with variable domain of neutralizing antibody G4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-8784: MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing antibody G4
PDB-5w9i: MERS S ectodomain trimer in complex with variable domain of neutralizing antibody G4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-8785: MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing antibody G4
PDB-5w9j: MERS S ectodomain trimer in complex with variable domain of neutralizing antibody G4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-8786: MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing antibody G4
PDB-5w9k: MERS S ectodomain trimer in complex with variable domain of neutralizing antibody G4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-8787: MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing antibody G4
PDB-5w9l: MERS S ectodomain trimer in complex with variable domain of neutralizing antibody G4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-8788: MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing antibody G4
PDB-5w9m: MERS S ectodomain trimer in complex with variable domain of neutralizing antibody G4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-8789: MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing antibody G4
PDB-5w9n: MERS S ectodomain trimer in complex with variable domain of neutralizing antibody G4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-8790: MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing antibody G4
PDB-5w9o: MERS S ectodomain trimer in complex with variable domain of neutralizing antibody G4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-8791: MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing antibody G4
PDB-5w9p: MERS S ectodomain trimer in complex with variable domain of neutralizing antibody G4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-8792:
MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing antibody G4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-8793:
MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing antibody G4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.5 Å

PDB-5vyh:
Crystal Structure of MERS-CoV S1 N-terminal Domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-5vzr:
Crystal Structure of MERS-CoV neutralizing antibody G4 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-FOL:
FOLIC ACID / 葉酸

ChemComp-MPD:
(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-IMD:
IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

由来
  • middle east respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • Middle East respiratory syndrome coronavirus (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / fusion glycoprotein / virus / IMMUNE SYSTEM / antibody / neutralizing / Immunogen / peplomer / viral spike / MERS / MERS S protein / G4

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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