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Structure paper

タイトル structure of the Dot/Icm type IV secretion system by electron cryotomography.
ジャーナル・号・ページEMBO Rep, Vol. 18, Issue 5, Page 726-732, Year 2017
掲載日2017年3月23日
著者Debnath Ghosal / Yi-Wei Chang / Kwangcheol C Jeong / Joseph P Vogel / Grant J Jensen /
PubMed 要旨Type IV secretion systems (T4SSs) are large macromolecular machines that translocate protein and DNA and are involved in the pathogenesis of multiple human diseases. Here, using electron ...Type IV secretion systems (T4SSs) are large macromolecular machines that translocate protein and DNA and are involved in the pathogenesis of multiple human diseases. Here, using electron cryotomography (ECT), we report the structure of the Dot/Icm type IVB secretion system (T4BSS) utilized by the human pathogen This is the first structure of a type IVB secretion system, and also the first structure of any T4SS While the Dot/Icm system shares almost no sequence similarity with type IVA secretion systems (T4ASSs), its overall structure is seen here to be remarkably similar to previously reported T4ASS structures (those encoded by the R388 plasmid in and the cag pathogenicity island in ). This structural similarity suggests shared aspects of mechanism. However, compared to the negative-stain reconstruction of the purified T4ASS from the R388 plasmid, the Dot/Icm system is approximately twice as long and wide and exhibits several additional large densities, reflecting type-specific elaborations and potentially better structural preservation .
リンクEMBO Rep / PubMed:28336774 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度30.0 Å
構造データ

EMDB-8566:
In vivo structure of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV secretion system (aligning the outer membrane complex)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-8567:
In vivo structure of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV secretion system (aligning the inner membrane complex)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-8568:
In vivo structure of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV secretion system core complex (aligning the outer membrane complex)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-8569:
In vivo structure of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV secretion system core complex (aligning the inner membrane part)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

由来
  • Legionella pneumophila (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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