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タイトルArchitecture of the Vibrio cholerae toxin-coregulated pilus machine revealed by electron cryotomography.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 2, Page 16269, Year 2017
掲載日2017年2月6日
著者Yi-Wei Chang / Andreas Kjær / Davi R Ortega / Gabriela Kovacikova / John A Sutherland / Lee A Rettberg / Ronald K Taylor / Grant J Jensen /
PubMed 要旨Type IV pili (T4P) are filamentous appendages found on many Bacteria and Archaea. They are helical fibres of pilin proteins assembled by a multi-component macromolecular machine we call the basal ...Type IV pili (T4P) are filamentous appendages found on many Bacteria and Archaea. They are helical fibres of pilin proteins assembled by a multi-component macromolecular machine we call the basal body. Based on pilin features, T4P are classified into type IVa pili (T4aP) and type IVb pili (T4bP). T4aP are more widespread and are involved in cell motility, DNA transfer, host predation and electron transfer. T4bP are less prevalent and are mainly found in enteropathogenic bacteria, where they play key roles in host colonization. Following similar work on T4aP machines, here we use electron cryotomography to reveal the three-dimensional in situ structure of a T4bP machine in its piliated and non-piliated states. The specific machine we analyse is the Vibrio cholerae toxin-coregulated pilus machine (TCPM). Although only about half of the components of the TCPM show sequence homology to components of the previously analysed Myxococcus xanthus T4aP machine (T4aPM), we find that their structures are nevertheless remarkably similar. Based on homologies with components of the M. xanthus T4aPM and additional reconstructions of TCPM mutants in which the non-homologous proteins are individually deleted, we propose locations for all eight TCPM components within the complex. Non-homologous proteins in the T4aPM and TCPM are found to form similar structures, suggesting new hypotheses for their functions and evolutionary histories.
リンクNat Microbiol / PubMed:28165453 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度50.0 Å
構造データ

EMDB-3792:
Electron cryotomogram of Vibrio cholerae O395 N1
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-8492:
Subtomogram average of the non-piliated toxin-coregulated pilus machine in wild-type Vibrio cholerae cells (aligning OM-parts)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8493:
Subtomogram average of the non-piliated toxin-coregulated pilus machine in wild-type Vibrio cholerae cells (aligning IM-parts)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8494:
Subtomogram average of the piliated toxin-coregulated pilus machine in wild-type Vibrio cholerae cells (aligning OM-parts)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8495:
Subtomogram average of the piliated toxin-coregulated pilus machine in wild-type Vibrio cholerae cells (aligning IM-parts)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8496:
Subtomogram average of the non-piliated toxin-coregulated pilus machine in Vibrio cholerae cells with tcpS knockout (aligning OM-parts)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8497:
Subtomogram average of the non-piliated toxin-coregulated pilus machine in Vibrio cholerae cells with tcpS knockout (aligning IM-parts)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8498:
Subtomogram average of the non-piliated toxin-coregulated pilus machine in Vibrio cholerae cells with tcpB knockout (aligning OM-parts)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8499:
Subtomogram average of the non-piliated toxin-coregulated pilus machine in Vibrio cholerae cells with tcpB knockout (aligning IM-parts)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8500:
Subtomogram average of the non-piliated toxin-coregulated pilus machine in Vibrio cholerae cells with tcpD knockout (aligning OM-parts)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8501:
Subtomogram average of the non-piliated toxin-coregulated pilus machine in Vibrio cholerae cells with tcpD knockout (aligning IM-parts)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8502:
Subtomogram average of the non-piliated toxin-coregulated pilus machine in Vibrio cholerae cells with tcpR knockout (aligning OM-parts)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8503:
Subtomogram average of the non-piliated toxin-coregulated pilus machine in Vibrio cholerae cells with tcpR knockout (aligning IM-parts)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.0 Å

由来
  • Vibrio cholerae (コレラ菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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