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Structure paper

タイトルStructural Basis for the Activation of IKK1/α.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 17, Issue 8, Page 1907-1914, Year 2016
掲載日2016年11月15日
著者Smarajit Polley / Dario Oliveira Passos / De-Bin Huang / Maria Carmen Mulero / Anup Mazumder / Tapan Biswas / Inder M Verma / Dmitry Lyumkis / Gourisankar Ghosh /
PubMed 要旨Distinct signaling pathways activate the NF-κB family of transcription factors. The canonical NF-κB-signaling pathway is mediated by IκB kinase 2/β (IKK2/β), while the non-canonical pathway ...Distinct signaling pathways activate the NF-κB family of transcription factors. The canonical NF-κB-signaling pathway is mediated by IκB kinase 2/β (IKK2/β), while the non-canonical pathway depends on IKK1/α. The structural and biochemical bases for distinct signaling by these otherwise highly similar IKKs are unclear. We report single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) and X-ray crystal structures of human IKK1 in dimeric (∼150 kDa) and hexameric (∼450 kDa) forms. The hexamer, which is the representative form in the crystal but comprises only ∼2% of the particles in solution by cryo-EM, is a trimer of IKK1 dimers. While IKK1 hexamers are not detectable in cells, the surface that supports hexamer formation is critical for IKK1-dependent cellular processing of p100 to p52, the hallmark of non-canonical NF-κB signaling. Comparison of this surface to that in IKK2 indicates significant divergence, and it suggests a fundamental role for this surface in signaling by these kinases through distinct pathways.
リンクCell Rep / PubMed:27851956 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度4.5 - 5.9 Å
構造データ

8436

5tqw

EMDB-8436, PDB-5tqw:
CryoEM reconstruction of human IKK1, open conformation 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

8437

5tqx

EMDB-8437, PDB-5tqx:
CryoEM reconstruction of human IKK1, intermediate conformation 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

8438

5tqy

EMDB-8438, PDB-5tqy:
CryoEM reconstruction of human IKK1, closed conformation 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-8439:
CryoEM reconstruction of hIKK1 in the most open state, conformation 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

PDB-5ebz:
Crystal structure of human IKK1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.5 Å

化合物

ChemComp-5TL:
2-azanyl-5-phenyl-3-(4-sulfamoylphenyl)benzamide

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTransferase/transferase inhibitor / kinase / inhibitor / Transferase-transferase inhibitor complex / TRANSFERASE / conserved helix-loop-helix / transcription / oncogene

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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