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タイトルKey Intermediates in Ribosome Recycling Visualized by Time-Resolved Cryoelectron Microscopy.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 24, Issue 12, Page 2092-2101, Year 2016
掲載日2016年12月6日
著者Ziao Fu / Sandip Kaledhonkar / Anneli Borg / Ming Sun / Bo Chen / Robert A Grassucci / Måns Ehrenberg / Joachim Frank /
PubMed 要旨Upon encountering a stop codon on mRNA, polypeptide synthesis on the ribosome is terminated by release factors, and the ribosome complex, still bound with mRNA and P-site-bound tRNA (post-termination ...Upon encountering a stop codon on mRNA, polypeptide synthesis on the ribosome is terminated by release factors, and the ribosome complex, still bound with mRNA and P-site-bound tRNA (post-termination complex, PostTC), is split into ribosomal subunits, ready for a new round of translational initiation. Separation of post-termination ribosomes into subunits, or "ribosome recycling," is promoted by the joint action of ribosome-recycling factor (RRF) and elongation factor G (EF-G) in a guanosine triphosphate (GTP) hydrolysis-dependent manner. Here we used a mixing-spraying-based method of time-resolved cryo-electron microscopy (cryo-EM) to visualize the short-lived intermediates of the recycling process. The two complexes that contain (1) both RRF and EF-G bound to the PostTC or (2) deacylated tRNA bound to the 30S subunit are of particular interest. Our observations of the native form of these complexes demonstrate the strong potential of time-resolved cryo-EM for visualizing previously unobservable transient structures.
リンクStructure / PubMed:27818103 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度7.4 - 16.0 Å
構造データ

EMDB-8411:
Time-resolved cryo electron microscopy map of the RRF-bound post-termination ribosome complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-8412:
Time-resolved cryo electron microscopy map of the RRF-bound post-termination ribosome complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-8413:
Time-resolved cryo electron microscopy map of the EF-G and RRF-bound post-termination ribosome complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

EMDB-8415:
Time-resolved cryo electron microscopy map of the EF-G and RRF-bound 50S subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-8416:
Time-resolved cryo electron microscopy map of the EF-G-, RRF-, and tRNA-bound 50S subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-8417:
Time-resolved cryo electron microscopy map of the tRNA-bound 30S subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-8418:
Time-resolved cryo electron microscopy map of the IF3-bound 30S subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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