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Structure paper

タイトルStructural basis for therapeutic inhibition of complement C5.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 23, Issue 5, Page 378-386, Year 2016
掲載日2016年3月28日
著者Matthijs M Jore / Steven Johnson / Devon Sheppard / Natalie M Barber / Yang I Li / Miles A Nunn / Hans Elmlund / Susan M Lea /
PubMed 要旨Activation of complement C5 generates the potent anaphylatoxin C5a and leads to pathogen lysis, inflammation and cell damage. The therapeutic potential of C5 inhibition has been demonstrated by ...Activation of complement C5 generates the potent anaphylatoxin C5a and leads to pathogen lysis, inflammation and cell damage. The therapeutic potential of C5 inhibition has been demonstrated by eculizumab, one of the world's most expensive drugs. However, the mechanism of C5 activation by C5 convertases remains elusive, thus limiting development of therapeutics. Here we identify and characterize a new protein family of tick-derived C5 inhibitors. Structures of C5 in complex with the new inhibitors, the phase I and phase II inhibitor OmCI, or an eculizumab Fab reveal three distinct binding sites on C5 that all prevent activation of C5. The positions of the inhibitor-binding sites and the ability of all three C5-inhibitor complexes to competitively inhibit the C5 convertase conflict with earlier steric-inhibition models, thus suggesting that a priming event is needed for activation.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:27018802 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折 / NMR (溶液)
解像度2.59 - 16.0 Å
構造データ

EMDB-8092:
Structure of the quaternary complex of complement C5 with two tick inhibitors (OmCI and RaCI) and a Fab derived from the therapeutic Eculizumab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

PDB-5hcc:
Ternary complex of human Complement C5 with Ornithodoros moubata OmCI and Dermacentor andersoni RaCI3.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.59 Å

PDB-5hcd:
Ternary complex of human Complement C5 with Ornithodoros moubata OmCI and Rhipicephalus microplus RaCI2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.98 Å

PDB-5hce:
Ternary complex of human Complement C5 with Ornithodoros moubata OmCI and Rhipicephalus appendiculatus RaCI1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.12 Å

PDB-5iec:
Structural basis for therapeutic inhibition of complement C5
手法: SOLUTION NMR

化合物

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-CYS:
CYSTEINE / システイン

ChemComp-DIO:
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Human (ヒト)
  • rhipicephalus appendiculatus (ダニ)
  • Synthetic construct (人工物)
  • ornithodoros moubata (ダニ)
  • dermacentor andersoni (ダニ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • rhipicephalus microplus (ダニ)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complement / Inflammation / Inhibitor / Tick / BLOOD CLOTTING / complement inhibitor / RaCI / STRUCTURE FROM CYANA 3.96

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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