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Structure paper

タイトルThe tumour suppressor RBM5 activates the helicase DHX15 to regulate splicing.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2026
掲載日2026年3月27日
著者Shiheng Liu / Tiantian Su / Jeffrey Huang / Chia-Ho Lin / Douglas L Black / Andrey Damianov / Z Hong Zhou /
PubMed 要旨Pre-mRNA splicing determines the expressed proteome and is frequently dysregulated in cancer. The tumour-suppressor RBM5 controls an exon network regulating apoptosis, yet its molecular mechanism is ...Pre-mRNA splicing determines the expressed proteome and is frequently dysregulated in cancer. The tumour-suppressor RBM5 controls an exon network regulating apoptosis, yet its molecular mechanism is elusive. Using in vivo spliceosome capture and cryogenic electron microscopy, we determined structures of precatalytic spliceosomes arrested by RBM5 immediately after U2 snRNP branchpoint recognition. Despite intron diversity, the U2-pre-mRNA duplex, branchpoint adenine, and downstream polypyrimidine tract are well-resolved. RBM5 binds the outer SF3B1 HEAT surface and performs dual functions: First, its helix-loop-helix motif and upstream zinc-finger domain sterically block tri-snRNP and Prp8 docking and prevent progression to pre-B and B complexes; Second, its G-patch activates DHX15 and places this DExH-box helicase on the pre-mRNA as it exits SF3B1, poised for branch helix unwinding. DHX15 binding to SF3B1 is facilitated by U2SURP/SR140, which engages SF3B1 near RBM5's helix-loop-helix. Functional assays confirm that disruption of the RBM5 interfaces with either DHX15 or SF3B1 inhibit exon repression. Mutations at these regulatory interfaces are common in cancer genomes and predicted to disrupt its regulation of apoptotic isoforms. Thus, RBM5 acts as a dual-action spliceosome gatekeeper that couples helicase activation with physical stalling to enforce tumour-suppressive alternative splicing programmes.
リンクbioRxiv / PubMed:41929118 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.26 - 3.94 Å
構造データ

74082

9ze0

EMDB-74082, PDB-9ze0:
Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Proximal DHX15 state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

74089

9ze2

EMDB-74089, PDB-9ze2:
Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (core)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

74090

9ze3

EMDB-74090, PDB-9ze3:
Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Distal DHX15 state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.93 Å

74099

9zec

EMDB-74099, PDB-9zec:
Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (SF3A state 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.61 Å

74100

9zed

EMDB-74100, PDB-9zed:
Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (SF3A state 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.94 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSPLICING / spliceosome / tumor suppressor / helicase / DHX15 / RBM5 / SR140 / prespliceosomal A complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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