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Structure paper

タイトルStructural insights into metallocluster trafficking in the nitrogenase assembly scaffold NifEN.
ジャーナル・号・ページNat Catal, Vol. 9, Issue 3, Page 281-294, Year 2026
掲載日2026年3月3日
著者Bryan Neumann / Kristal A Brandon / Robert Quechol / Diana S Suder / Chi Chung Lee / Yimo Yang / Kamil Górecki / Jared A Wiig / Yilin Hu / Shane Gonen / Markus W Ribbe /
PubMed 要旨Nitrogenase catalyses small-molecule activation, and has great relevance to agronomy, environment and energy. Understanding the assembly of the complex nitrogenase cofactor is a decades-long goal in ...Nitrogenase catalyses small-molecule activation, and has great relevance to agronomy, environment and energy. Understanding the assembly of the complex nitrogenase cofactor is a decades-long goal in the field, and structural insights into this process remain scarce. Here we report a cryogenic electron microscopy (cryo-EM) study of heterologously expressed NifEN, a key player converting the precursor (L-cluster) to a mature cofactor (M-cluster). Structural analyses of apo- and holo-NifEN demonstrate major conformational changes triggered by L-cluster incorporation. Further examinations of NifEN structures with inwardly and outwardly bound L-clusters, coupled with supporting mutational studies, AlphaFold 3 predictions and negative-stain EM analyses of NifEN complexed with upstream (NifB) and downstream (NifH) assembly partners, reveal a tunnel linking NifEN with NifB and NifH, with NifEN serving as a dynamic hub that coordinates L-cluster reception, maturation and delivery via conformation-gated metallocluster trafficking.
リンクNat Catal / PubMed:41908675 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度14.8 - 19.0 Å
構造データ

EMDB-73406: Negative stained A. vinelandii NifEN-B' fusion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-73407: Negative stained A. vinelandii NifEN/NifH ADPxAIF4- stabilized complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.8 Å

由来
  • Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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