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Structure paper

タイトルRoutine single particle CryoEM sample and grid characterization by tomography.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 7, Year 2018
掲載日2018年5月29日
著者Alex J Noble / Venkata P Dandey / Hui Wei / Julia Brasch / Jillian Chase / Priyamvada Acharya / Yong Zi Tan / Zhening Zhang / Laura Y Kim / Giovanna Scapin / Micah Rapp / Edward T Eng / William J Rice / Anchi Cheng / Carl J Negro / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong / David Jeruzalmi / Amedee des Georges / Clinton S Potter / Bridget Carragher /
PubMed 要旨Single particle cryo-electron microscopy (cryoEM) is often performed under the assumption that particles are not adsorbed to the air-water interfaces and in thin, vitreous ice. In this study, we ...Single particle cryo-electron microscopy (cryoEM) is often performed under the assumption that particles are not adsorbed to the air-water interfaces and in thin, vitreous ice. In this study, we performed fiducial-less tomography on over 50 different cryoEM grid/sample preparations to determine the particle distribution within the ice and the overall geometry of the ice in grid holes. Surprisingly, by studying particles in holes in 3D from over 1000 tomograms, we have determined that the vast majority of particles (approximately 90%) are adsorbed to an air-water interface. The implications of this observation are wide-ranging, with potential ramifications regarding protein denaturation, conformational change, and preferred orientation. We also show that fiducial-less cryo-electron tomography on single particle grids may be used to determine ice thickness, optimal single particle collection areas and strategies, particle heterogeneity, and de novo models for template picking and single particle alignment.
リンクElife / PubMed:29809143 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-7135:
Hemagglutinin on a carbon nanowire grid plunged with Spotiton
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7138:
Rabbit muscle aldolase on a gold nanowire grid plunged with Spotiton
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7139:
Rabbit muscle aldolase on a carbon nanowire grid plunged with Spotiton
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7140:
Protein in nanodisc on a gold nanowire grid plunged with Spotiton
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7141:
Glutamate dehydrogenase on a holey carbon grid
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7142:
Glutamate dehydrogenase on a holey carbon grid
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7143:
GDH + 0.001% DDM on a carbon nanowire grid plunged with Spotiton
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7144:
DNAB helicase-helicase loader on a gold Quantifoil grid
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7145:
Apoferritin on a gold nanowire grid plunged with Spotiton
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7146:
Apoferritin on a gold nanowire grid plunged with Spotiton
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7147:
Apoferritin on a holey carbon nanowire grid plunged with Spotiton
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7148:
Apoferritin on a holey carbon nanowire grid plunged with Spotiton
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7149:
Apoferritin on a holey gold nanowire grid plunged with Spotiton
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7150:
Apoferritin with 0.5 mM TCEP on a carbon nanowire grid plunged with Spotiton
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7151:
T20S proteasome on a holey carbon grid
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7152:
T20S proteasome on a holey carbon grid
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7153:
T20S proteasome on a gold Quantifoil grid
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7154:
Mtb 20S proteasome on a carbon nanowire grid plunged with Spotiton
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • unidentified (未定義)
  • Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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