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タイトルStructure of a specialized 70S initiation complex.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 54, Issue 6, Year 2026
掲載日2026年3月19日
著者Dominic Arpin / Bappaditya Roy / Fawwaz M Naeem / Kurt Fredrick / Joaquin Ortega /
PubMed 要旨Bacteria of class Bacteroidia lack Shine-Dalgarno (SD) sequences and instead rely on other messenger RNA (mRNA) features, including upstream adenines, for start codon selection. Bacteroidia ribosomes ...Bacteria of class Bacteroidia lack Shine-Dalgarno (SD) sequences and instead rely on other messenger RNA (mRNA) features, including upstream adenines, for start codon selection. Bacteroidia ribosomes contain the anti-SD (ASD) sequence of 16S ribosomal RNA (rRNA) but are "blind" to SD sequences. This occurs due to the sequestration of the ASD through interactions with bS21, bS18, and bS6 on the 30S platform domain. In many Bacteroidia, including Flavobacterium johnsoniae, there is one gene with an extended SD-rpsU, which encodes bS21. Ribosomes lacking bS21 exhibit high-level translation of rpsU, establishing an autoregulatory circuit in the cell. In this work, we investigate the structural basis of initiation on rpsU mRNA. We find using cryo-electron microscopy that initiation entails the formation of a 13-base pair SD-ASD helix that sterically occludes bS21. Mutations of bS21, bS18, or bS6 that compromise the platform pocket liberate the 3' tail of 16S rRNA, enable SD-ASD pairing, and enhance initiation. As initiation on rpsU mRNA depends on SD-ASD pairing, we infer that dissociation of bS21 from replete ribosomes limits their initiation rate. This work shows how a compositional change of the ribosome can govern translation of a specific gene.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:41854077 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 2.9 Å
構造データ

71002

9oy8

EMDB-71002, PDB-9oy8:
Flavobacterium johnsoniae 30S ribosomal subunit.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

71035

9oyv

EMDB-71035, PDB-9oyv:
Flavobacterium johnsoniae 30S ribosomal subunit, ZAM64 mutant.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

71052

9oz9

EMDB-71052, PDB-9oz9:
Flavobacterium johnsoniae 70S initiation complex with Shine-Dalgarno-less mRNA.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

71060

9ozn

EMDB-71060, PDB-9ozn:
Flavobacterium johnsoniae 70S initiation complex with rpsU mRNA containing Shine-Dalgarno sequence. State 1.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

71061

9ozz

EMDB-71061, PDB-9ozz:
Flavobacterium johnsoniae 70S initiation complex with rpsU mRNA containing Shine-Dalgarno sequence. State 2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

71069

9p0e

EMDB-71069, PDB-9p0e:
Flavobacterium johnsoniae ZAM64 mutant 70S initiation complex with rpsU mRNA containing Shine-Dalgarno sequence.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-71567: Flavobacterium johnsoniae bS6 C-terminal deletion mutant 70S ribosome.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-71568: Flavobacterium johnsoniae bS18 M7 mutant 70S ribosome.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-71569: Flavobacterium johnsoniae bS18 M5 mutant 70S ribosome.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

74034

9zcd

EMDB-74034, PDB-9zcd:
Flavobacterium johnsoniae 30S ribosomal subunit.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

由来
  • flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
  • flavobacterium johnsoniae uw101 (バクテリア)
キーワードRIBOSOME / 30S / initiation complex / Flavobacterium johnsoniae / 70S / translation.

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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