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Structure paper

タイトルStructure and activity of lipid bilayer within a membrane-protein transporter.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 115, Issue 51, Page 12985-12990, Year 2018
掲載日2018年12月18日
著者Weihua Qiu / Ziao Fu / Guoyan G Xu / Robert A Grassucci / Yan Zhang / Joachim Frank / Wayne A Hendrickson / Youzhong Guo /
PubMed 要旨Membrane proteins function in native cell membranes, but extraction into isolated particles is needed for many biochemical and structural analyses. Commonly used detergent-extraction methods destroy ...Membrane proteins function in native cell membranes, but extraction into isolated particles is needed for many biochemical and structural analyses. Commonly used detergent-extraction methods destroy naturally associated lipid bilayers. Here, we devised a detergent-free method for preparing cell-membrane nanoparticles to study the multidrug exporter AcrB, by cryo-EM at 3.2-Å resolution. We discovered a remarkably well-organized lipid-bilayer structure associated with transmembrane domains of the AcrB trimer. This bilayer patch comprises 24 lipid molecules; inner leaflet chains are packed in a hexagonal array, whereas the outer leaflet has highly irregular but ordered packing. Protein side chains interact with both leaflets and participate in the hexagonal pattern. We suggest that the lipid bilayer supports and harmonizes peristaltic motions through AcrB trimers. In AcrB D407A, a putative proton-relay mutant, lipid bilayer buttresses protein interactions lost in crystal structures after detergent-solubilization. Our detergent-free system preserves lipid-protein interactions for visualization and should be broadly applicable.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:30509977 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.2 Å
構造データ

7074

6baj

EMDB-7074: AcrB
PDB-6baj: Cryo-EM structure of lipid bilayer in the native cell membrane nanoparticles of AcrB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

7609

6csx

EMDB-7609: AcrBD407 mutant
PDB-6csx: Single particles Cryo-EM structure of AcrB D407A associated with lipid bilayer at 3.0 Angstrom
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / lipid bilayer / native cell membrane nanoparticles system / Resistance-Nodulation-Cell Division (RND) family / phospholipid / TRANSPORT PROTEIN / AcrB / Native cell membrane nanoparticles / SMA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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