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タイトルA neutralizing human antibody induces movement of the HCoV-229E receptor binding domain.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 9, Issue 1, Page 168, Year 2025
掲載日2025年12月31日
著者Mera F Liccione / Trevor Scobey / Heather M Froggatt / Camryn Pajon / Boyd L Yount / Qi Yin / Taylor N Spence / Emmanuel B Walter / Kevin O Saunders / Robert J Edwards / Ralph S Baric / Barton F Haynes / Derek W Cain / Timothy P Sheahan / Daniel Wrapp /
PubMed 要旨HCoV-229E is an endemic Alphacoronavirus that typically causes common cold-like disease in most healthy adults, but can also cause severe respiratory disease in the very young and the elderly. ...HCoV-229E is an endemic Alphacoronavirus that typically causes common cold-like disease in most healthy adults, but can also cause severe respiratory disease in the very young and the elderly. Although the virus was discovered over sixty years ago and undergoes continuous antigenic drift, remarkably little is known about the humoral immune response to HCoV-229E infection. Here we report the isolation of two receptor binding domain-targeting neutralizing human antibodies raised in response to natural HCoV-229E infection. One of these, DH1533, potently neutralizes HCoV-229E, binds to spike with sub-nanomolar affinity and prevents the association between the RBD and the host cell receptor aminopeptidase N. Structural characterization of this antibody bound to HCoV-229E spike delineated a neutralization-sensitive epitope on the RBD and revealed that DH1533 induces conformational flexibility in neighboring RBDs, reminiscent of the "up-and-down" kinetics observed in the related Betacoronavirus spikes. These findings provide insight into the humoral immune response to HCoV-229E infection and will serve as a guide for the design of future therapeutic interventions.
リンクCommun Biol / PubMed:41476125 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.82 - 3.38 Å
構造データ

70440

9ofo

EMDB-70440, PDB-9ofo:
HCoV-229E S2P bound by three DH1533 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

70441

9ofp

EMDB-70441, PDB-9ofp:
HCoV-229E S2P bound by two DH1533 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

70442

9ofq

EMDB-70442, PDB-9ofq:
HCoV-229E S2P bound by one DH1533 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

EMDB-70507: HCoV-229E S2P bound by one DH1533 Fab, consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

EMDB-70508: HCoV-229E S2P bound by one DH1533 Fab, focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • human coronavirus 229e (ヒトコロナウイルス 229E)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / coronavirus spike / antibody / HCoV-229E / alphacoronavirus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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