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- EMDB-70441: HCoV-229E S2P bound by two DH1533 Fabs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70441
タイトルHCoV-229E S2P bound by two DH1533 Fabs
マップデータFull map, sharpened with DeepEMhancer
試料
  • 複合体: HCoV-229E spike protein bound by two copies of the antigen binding fragment from human mAb DH1533
    • タンパク質・ペプチド: Surface glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: DH1533 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: DH1533 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードcoronavirus spike / antibody / HCoV-229E / alphacoronavirus / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. ...Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Wrapp D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)3P01AI158571-01A1S1 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A potently neutralizing human antibody induces movement of the HCoV-229E receptor binding domain
著者: Liccione MF / Scobey T / Froggatt HM / Pajon C / Yount BL / Yin Q / Spence TN / Walter EB / Saunders KO / Edwards RJ / Baric RS / Haynes BF / Cain DW / Sheahan TP / Wrapp D
履歴
登録2025年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70441.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70441.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map, sharpened with DeepEMhancer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 432 pix.
= 466.56 Å		1.08 Å/pix.
x 432 pix.
= 466.56 Å		1.08 Å/pix.
x 432 pix.
= 466.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.34
最小 - 最大-0.004677849 - 2.4466193
平均 (標準偏差)0.0022323958 (±0.035624664)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 466.56003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Full map, unsharpened

ファイルemd_70441_additional_1.map
注釈Full map, unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_70441_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_70441_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HCoV-229E spike protein bound by two copies of the antigen bindin...

全体名称: HCoV-229E spike protein bound by two copies of the antigen binding fragment from human mAb DH1533
要素
  • 複合体: HCoV-229E spike protein bound by two copies of the antigen binding fragment from human mAb DH1533
    • タンパク質・ペプチド: Surface glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: DH1533 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: DH1533 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HCoV-229E spike protein bound by two copies of the antigen bindin...

超分子名称: HCoV-229E spike protein bound by two copies of the antigen binding fragment from human mAb DH1533
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
株: BN1/GER/2015
分子量理論値: 722 KDa

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分子 #1: Surface glycoprotein

分子名称: Surface glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
株: BN1/GER/2015
分子量理論値: 123.593859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVLLVAYAL LHIAGCQTTN GTNTSHSVCN GCVGHSENVF AVESGGYIPS NFAFNNWFLL TNTSSVVDGV VRSFQPLLLN CLWSVSGSQ FTTGFVYFNG TGRGACKGFY SNASSDVIRY NINFEENLRR GTILFKTSYG AVVFYCTNNT LVSGDAHIPS G TVLGNFYC ...文字列:
MFVLLVAYAL LHIAGCQTTN GTNTSHSVCN GCVGHSENVF AVESGGYIPS NFAFNNWFLL TNTSSVVDGV VRSFQPLLLN CLWSVSGSQ FTTGFVYFNG TGRGACKGFY SNASSDVIRY NINFEENLRR GTILFKTSYG AVVFYCTNNT LVSGDAHIPS G TVLGNFYC FVNTTIGNET TSAFVGALPK TVREFVISRT GHFYINGYRY FSLGDVEAVN FNVTNAATTV CTVALASYAD VL VNVSQTA IANIIYCNSV INRLRCDQLS FDVPDGFYST SPIQPVELPV SIVSLPVYHK HTFIVLYVNF EHRRGPGKCY NCR PAVINI TLANFNETKG PLCVDTSHFT TQFVDNVKLA RWSASINTGN CPFSFGKVNN FVKFGSVCFS LKDIPGGCAM PIMA NLVNS KSHNIGSLYV SWSDGDVITG VPKPVEGVSS FMNVTLNKCT KYNIYDVSGV GVIRISNDTF LNGITYTSTS GNLLG FKDV TNGTIYSITP CNPPDQLVVY QQAVVGAMLS ENFTSYGFSN VVEMPKFFYA SNGTYNCTDA VLTYSSFGVC ADGSII AVQ PRNVSYDSVS AIVTANLSIP FNWTTSVQVE YLQITSTPIV VDCSTYVCNG NVRCVELLKQ YTSACKTIED ALRNSAM LE SADVSEMLTF DKKAFTLANV SSFGDYNLSS VIPSLPRSGS RVAGRSAIED ILFSKLVTSG LGTVDADYKK CTKGLSIA D LACAQYYNGI MVLPGVADAE RMAMYTGSLI GGIALGGLTS AASIPFSLAI QSRLNYVALQ TDVLQENQRI LAASFNKAM TNIVDAFTGV NDAITQTSQA LQTVATALNK IQDVVNQQGN SLNHLTSQLR QNFQAISSSI QAIYDRLDPP QADQQVDRLI TGRLAALNV FVSHTLTKYT EVRASRQLAQ QKVNECVKSQ SKRYGFCGNG THIFSLVNAA PEGLVFLHTV LLPTQYKDVE A WSGLCVDG INGYVLRQPN LALYKEGNYY RITSRIMFEP RIPTIADFVQ IENCNVTFVN ISRSELQTIV PEYIDVNKTL QE LSYKLPN YTVPDLVGSG YIPEAPRDGQ AYVRKDGEWV LLSTFLGRSL EVLFQGPGHH HHHHHHSAWS HPQFEKGGGS GGG GSGGSA WSHPQFEK

UniProtKB: S

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分子 #2: DH1533 heavy chain

分子名称: DH1533 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.302258 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYAMSWVRQA PGKGLEWVSA IIGSGSNTYY ADSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKD TTPRPLYSSG WYGSFDYWGQ GTPVSVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYAMSWVRQA PGKGLEWVSA IIGSGSNTYY ADSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKD TTPRPLYSSG WYGSFDYWGQ GTPVSVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCDKGLEVLF Q

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分子 #3: DH1533 light chain

分子名称: DH1533 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.42491 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIT TYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDIATYYCQ QYDNLFLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIT TYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDIATYYCQ QYDNLFLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 45 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
2.0 mMC4H11NO3Tris
200.0 mMNaClsodium chloride
0.02 %NaN3sodium azide
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19477 / 平均電子線量: 49.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6573334
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.2) / 詳細: Patch CTF Estimation / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.2) / 詳細: Non-uniform refinement / 使用した粒子像数: 122657
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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