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Structure paper

タイトルCryo-EM structure of the nucleosome containing the enhancer DNA sequence.
ジャーナル・号・ページOpen Biol, Vol. 8, Issue 3, Year 2018
掲載日2019年3月29日
著者Yoshimasa Takizawa / Hiroki Tanaka / Shinichi Machida / Masako Koyama / Kazumitsu Maehara / Yasuyuki Ohkawa / Paul A Wade / Matthias Wolf / Hitoshi Kurumizaka /
PubMed 要旨Pioneer transcription factors specifically target their recognition DNA sequences within nucleosomes. FoxA is the pioneer transcription factor that binds to the gene enhancer in liver precursor ...Pioneer transcription factors specifically target their recognition DNA sequences within nucleosomes. FoxA is the pioneer transcription factor that binds to the gene enhancer in liver precursor cells, and is required for liver differentiation in embryos. The enhancer DNA sequence is reportedly incorporated into nucleosomes in cells, although the nucleosome structure containing the targeting sites for FoxA has not been clarified yet. In this study, we determined the nucleosome structure containing the enhancer (N1) sequence, by cryogenic electron microscopy at 4.0 Å resolution. The nucleosome structure with the enhancer DNA is not significantly different from the previously reported nucleosome structure with the Widom 601 DNA. Interestingly, in the nucleosomes, the enhancer DNA contains local flexible regions, as compared to the Widom 601 DNA. Consistently, DNaseI treatments revealed that, in the nucleosome, the enhancer (N1) DNA is more accessible than the Widom 601 sequence. The histones also associated less strongly with the enhancer (N1) DNA than the Widom 601 DNA in the nucleosome. Therefore, the local histone-DNA contacts may be responsible for the enhanced DNA accessibility in the nucleosome with the enhancer DNA.
リンクOpen Biol / PubMed:29563192 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.0 - 4.5 Å
構造データ

EMDB-6838:
Nucleosome with ALB1 enhancer DNA sequence
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-6898:
Nucleosome with ALB1 enhancer DNA sequence, no symmetry applied
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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