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タイトルCryo-EM structure of the ATP11C Q79E mutant reveals the structural basis for altered Phospholipid recognition.
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 302, Issue 1, Page 110935, Year 2026
掲載日2025年11月12日
著者Yuheng Qian / Chai C Gopalasingam / Christoph Gerle / Hideki Shigematsu / Kazuhiro Abe / Atsunori Oshima /
PubMed 要旨Closely related P4-ATPases, ATP11A and ATP11C, act as major phospholipid flippases in the plasma membrane of mammalian cells, with strict substrate specificity for phosphatidylserine (PS) and ...Closely related P4-ATPases, ATP11A and ATP11C, act as major phospholipid flippases in the plasma membrane of mammalian cells, with strict substrate specificity for phosphatidylserine (PS) and phosphatidylethanolamine (PE), but not for phosphatidylcholine (PC), thereby contributing to the asymmetric distribution of PS and PE across bilayers. A previously reported disease-associated Q84E mutation in ATP11A confers the ability to flip PC, implicating the involvement of this conserved residue in substrate specificity. We performed cryo-EM analysis for the equivalent mutant Q79E of ATP11C to address the structural basis for its unusual substrate specificity. Measurement of ATPase activity revealed that the ATP11C Q79E mutant retained PS-dependent activity, whilst gaining robust PC-dependent activity, indicative of expanded substrate specificity, consistent with reported properties in ATP11A Q84E. The cryo-EM structure of ATP11C Q79E mutant in the PC-occluded E2-P state revealed a PC molecule in a reshaped binding pocket. Due to the Q79E mutation and associated conformational changes in its surrounding residues, including Ser91and Asn352, the binding pocket has additional space to accommodate the bulky choline headgroup. Our results provide structural and functional insights into how a single point mutation can alter substrate specificity in a P4-ATPase.
リンクJ Biol Chem / PubMed:41237907 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.39 - 3.4 Å
構造データ

65136

9vkg

EMDB-65136, PDB-9vkg:
Cryo-EM structure of a human flippase mutant ATP11C Q79E-CDC50A in PtdCho-occluded E2-AlF state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.39 Å

65217

9vnt

EMDB-65217, PDB-9vnt:
Cryo-EM structure of a human flippase mutant ATP11C Q79E-CDC50A in PtdSer-occluded E2P-AlF state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.51 Å

65258

9vq2

EMDB-65258, PDB-9vq2:
Cryo-EM structure of a human flippase mutant ATP11C Q79A-CDC50A in the PtdSer-occluded E2-AlF state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

65302

9vsl

EMDB-65302, PDB-9vsl:
Cryo-EM structrure of a human flippase mutant ATP11C Q79E-CDC50A in PtdCho-open E2-BeF state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

化合物

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC, リン脂質*YM

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Lipid transporter flippase / PC bound E2P state / PS bound E2P state / PC bound E2P BeF state

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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