[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルAltering the carbohydrate-binding specificity of the legume lectin FRIL through structure-guided engineering.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年3月5日
著者Yo-Min Liu / Hong Thuy Vy Nguyen / Xiaorui Chen / Md Shahed-Al-Mahmud / Ting-Hua Chen / Kuo-Shiang Liao / Jennifer M Lo / Tzu-Chun Kan / Chien-Tai Ren / Che Ma /
PubMed 要旨FRIL is a legume lectin from the hyacinth bean that has broad-spectrum antiviral activity. A distinctive trait of FRIL among similar mannose/glucose-specific legume lectins is that FRIL shows ...FRIL is a legume lectin from the hyacinth bean that has broad-spectrum antiviral activity. A distinctive trait of FRIL among similar mannose/glucose-specific legume lectins is that FRIL shows specificity for complex type N-glycans. We postulate that an extended binding site on FRIL facilitates this ligand selectivity. Here, we show legume lectin carbohydrate recognition domain (CRD) loop B is the main determinant of complex versus high-mannose N-glycan specificity in FRIL and Concanavalin A (ConA), respectively. First, we find that the inactive precursors of recombinant FRIL (rFRIL) and proConA (rproConA) can be activated via deglycosylation. Secondly, the cryo-EM structures of inactive apo rFRIL, active FRIL in complex with Galβ1,4-(Fucα1,3-)GlcNAcβ1,2-Man tetrasaccharide, and active rFRIL in complex with MannoseGlcNAc (Man9) N-glycan are determined, and residues H102 and Y101 on loop B are identified as crucial for complex glycan recognition. Finally, we swapped loop B residues 101 and 102 alongside loop C residue 145 on FRIL to their structural equivalent on ConA, resulting in a FRIL mutant that binds exclusively to high mannose N-glycans. Taken together, we have established a process of activating recombinant FRIL and related lectins through deglycosylation, and demonstrated the crucial role that loop B residues play in establishing oligosaccharide specificity.
リンクNat Commun / PubMed:41786775 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.4 - 2.67 Å
構造データ

64935

9vbx

EMDB-64935, PDB-9vbx:
Lectin FRIL from Lablab purpureus complexed to Lewis X tetrasaccharide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

64936

9vby

EMDB-64936, PDB-9vby:
Lectin FRIL from Lablab purpureus with self glycan
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.67 Å

64937

9vbz

EMDB-64937, PDB-9vbz:
Lectin FRIL from Lablab purpureus complexed to oligomannose
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.56 Å

64938

9vc0

EMDB-64938, PDB-9vc0:
Lectin FRIL from Lablab purpureus complexed to oligomannose
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.48 Å

PDB-9vbw:
Lectin FRIL from Lablab purpureus complexed to Lewis X tetrasaccharide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.49 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • lablab purpureus (マメ科)
キーワードPLANT PROTEIN / Flt3 receptor-interacting lectin / carbohydrate binding protein / lectin / glycoprotein / complex type glycan / FRIL / self glycan / high-mannose type glycan. OMS-FRIL

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る