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タイトルDICER cleavage fidelity is governed by 5'-end binding pockets.
ジャーナル・号・ページNature, Year 2026
掲載日2026年3月4日
著者Minh Khoa Ngo / Cong Truc Le / Tuan Anh Nguyen /
PubMed 要旨RNA interference (RNAi) depends on DICER, an essential enzyme that processes RNA precursors into small regulatory RNAs. DICER cleaves RNA precursors according to the 5'-end counting rule, in which ...RNA interference (RNAi) depends on DICER, an essential enzyme that processes RNA precursors into small regulatory RNAs. DICER cleaves RNA precursors according to the 5'-end counting rule, in which RNA length is measured from the 5'-end. Previous work proposed a single 5'-end binding pocket that disfavours guanosine (5'-G), leading to cleavage inaccuracies. Here we show that 5'-G promotes precise cleavage for many substrates. Using massively parallel dicing assays and cryo-electron microscopy, we identify a conserved guanosine-favoured (G-favoured) binding pocket in DICER, distinct from the previously described uridine-favoured (U-favoured) pocket. Together, these pockets influence the alignment between 21-nucleotide and 22-nucleotide cleavage registers, expanding the mechanism of small-RNA biogenesis in metazoan DICERs. We also find that conflicts between 5'-end binding and RNA-motif recognition can trigger RNA conformational adjustments that preserve accurate cleavage-site selection. In addition, conformational adjustments of the double-stranded RNA-binding domain (dsRBD) and PAZ domain help to align substrates with the catalytic centres for precise double-strand cleavage. These results show that the DICER cleavage mechanism integrates dual 5'-end binding pockets, RNA-motif influence and domain motions, advancing our understanding of microRNA biogenesis.
リンクNature / PubMed:41781616
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.37 Å
構造データ

64764

9v42

EMDB-64764, PDB-9v42:
Cryo-EM structure of DICER/26S-GU complex in dicing state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

64765

9v43

EMDB-64765, PDB-9v43:
Cryo-EM structure of DICER/26S-UG complex in dicing state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

67570

21cb

EMDB-67570, PDB-21cb:
Cryo-EM structure of DICER with pre-mir-517a-GU in pre-dicing state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

67573

21cn

EMDB-67573, PDB-21cn:
Cryo-EM structure of DICER with pre-mir-517a-GU in dicing state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

67575

21cq

EMDB-67575, PDB-21cq:
Cryo-EM structure of DICER-D991G-H992G/26S-GU complex in dicing state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードHYDROLASE/RNA / Endoribonuclease Dicer / RNA / miRNA / precursor miRNA / HYDROLASE / HYDROLASE-RNA complex / endonuclease / dicer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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