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タイトルMultiple structures of photosystem I-FCPI supercomplexes from a coccolithophore alga reveal a modular antenna organization.
ジャーナル・号・ページBiochim Biophys Acta Bioenerg, Vol. 1867, Issue 3, Page 149588, Year 2026
掲載日2026年3月19日
著者Romain La Rocca / Pi-Cheng Tsai / Koji Kato / Yoshiki Nakajima / Fusamichi Akita / Jian-Ren Shen /
PubMed 要旨Photosystem I (PSI) converts light energy into chemical energy in photosynthesis, and forms supercomplexes with light-harvesting complexes (LHCI) in eukaryotes to enhance energy capture and transfer. ...Photosystem I (PSI) converts light energy into chemical energy in photosynthesis, and forms supercomplexes with light-harvesting complexes (LHCI) in eukaryotes to enhance energy capture and transfer. Various numbers and organizations of both PSI core and LHCI subunits are observed in various organisms. A subgroup of haptophytes named coccolithophores play a major role in marine carbon cycle and CaCO production, and the light-harvesting antennas of them are named FCPs (fucoxanthin-chlorophyll a/c binding protein) because they bind chlorophyll c and fucoxanthin in addition to chlorophyll a. A structure of a large PSI-FCPI supercomplex containing 38 FCPI subunits has been reported from a coccolithophore Emiliania huxleyi recently (L. Shen et al., Science 389, eadv2132, 2025). Here we solved five cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of PSI-FCPI supercomplexes isolated from another coccolithophore Chrysotila roscoffensis with different detergents at resolutions ranging from 2.3 to 1.7 Å. These structures represent discrete PSI-FCPIs containing 1, 4, 6, 8 and 9 FCPI subunits, with FCPIs arranged in a modular fashion. Association of each FCPI module to the PSI core, as well as the arrangement of protein subunits and pigments, are revealed. Contributions of individual antenna modules to excitation energy transfer were calculated and compared with PSI-FCPI supercomplexes from other species of coccolithophores and haptophytes. These results pinpoint the assembly of stable PSI-FCPI supercomplexes in C. roscoffensis and provide insights into how antenna modules contribute to energy transfer in coccolithophores.
リンクBiochim Biophys Acta Bioenerg / PubMed:41864554
手法EM (単粒子)
解像度1.74 - 2.33 Å
構造データ

64153

9uh3

EMDB-64153, PDB-9uh3:
PSI-9 FCPI supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.74 Å

64154

9uh4

EMDB-64154, PDB-9uh4:
PSI-4 FCPI supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.12 Å

64362

9unu

EMDB-64362, PDB-9unu:
PSI-1 FCPI supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.18 Å

64378

9uof

EMDB-64378, PDB-9uof:
PSI-6 FCPI supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.89 Å

64383

9uov

EMDB-64383, PDB-9uov:
PSI-8 FCPI supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.33 Å

化合物

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

ChemComp-A86:
(3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'-

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • chrysotila roscoffensis (真核生物)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem I / chlorophyll / light-harvesting complex / biogenesis / assembly / LHCI / FCPI / coccolithophore / haptophyte

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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