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タイトルKey gp120 Glycans Pose Roadblocks to the Rapid Development of VRC01-Class Antibodies in an HIV-1-Infected Chinese Donor.
ジャーナル・号・ページImmunity, Vol. 44, Issue 4, Page 939-950, Year 2016
掲載日2016年4月19日
著者Leopold Kong / Bin Ju / Yajing Chen / Linling He / Li Ren / Jiandong Liu / Kunxue Hong / Bin Su / Zheng Wang / Gabriel Ozorowski / Xiaolin Ji / Yuanzi Hua / Yanli Chen / Marc C Deller / Yanling Hao / Yi Feng / Fernando Garces / Richard Wilson / Kaifan Dai / Sijy O'Dell / Krisha McKee / John R Mascola / Andrew B Ward / Richard T Wyatt / Yuxing Li / Ian A Wilson / Jiang Zhu / Yiming Shao /
PubMed 要旨VRC01-class antibodies neutralize diverse HIV-1 strains by targeting the conserved CD4-binding site. Despite extensive investigations, crucial events in the early stage of VRC01 development remain ...VRC01-class antibodies neutralize diverse HIV-1 strains by targeting the conserved CD4-binding site. Despite extensive investigations, crucial events in the early stage of VRC01 development remain elusive. We demonstrated how VRC01-class antibodies emerged in a Chinese donor by antigen-specific single B cell sorting, structural and functional studies, and longitudinal antibody and virus repertoire analyses. A monoclonal antibody DRVIA7 with modest neutralizing breadth was isolated that displayed a subset of VRC01 signatures. X-ray and EM structures revealed a VRC01-like angle of approach, but less favorable interactions between the DRVIA7 light-chain CDR1 and the N terminus with N276 and V5 glycans of gp120. Although the DRVIA7 lineage was unable to acquire broad neutralization, longitudinal analysis revealed a repertoire-encoded VRC01 light-chain CDR3 signature and VRC01-like neutralizing heavy-chain precursors that rapidly matured within 2 years. Thus, light chain accommodation of the glycan shield should be taken into account in vaccine design targeting this conserved site of vulnerability.
リンクImmunity / PubMed:27067056 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.9 - 22.0 Å
構造データ

EMDB-6372:
JRFL Env SOSIP.664 in complex with CD4-binding site broadly neutralizing antibody DRVIA7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-6373:
JRFL Env SOSIP.664 in complex with CD4-binding site hybrid broadly neutralizing antibody DRVIA7/VRC01
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

PDB-5cd3:
Structure of immature VRC01-class antibody DRVIA7
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-5cd5:
Crystal structure of an immature VRC01-class antibody DRVIA7 from a Chinese donor bound to clade A/E HIV-1 gp120 core
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.396 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM / VRC01 / HIV-1 / CD4 binding site / gp120 / antibody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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