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タイトルDirect trapping of the transport-segment DNA by the central domain of type IIA topoisomerases.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 51, Page eadw2839, Year 2025
掲載日2025年12月19日
著者Yuhui Xin / Runqi Xian / Congrong Liu / Oujia Zhang / Zihe Rao / Xuemei Li / Yutao Chen /
PubMed 要旨Type IIA topoisomerases modulate DNA topology by coordinating the cleavage of gate-segment DNA and the passage of transport-segment DNA-a mechanism conserved across species and essential for diverse ...Type IIA topoisomerases modulate DNA topology by coordinating the cleavage of gate-segment DNA and the passage of transport-segment DNA-a mechanism conserved across species and essential for diverse cellular processes. While gate-segment interactions have been extensively studied, direct structural evidence of transport-segment capture has remained elusive, limiting our understanding of the full catalytic cycle. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of the T4 bacteriophage topoisomerase II with a transport-segment DNA bound directly to its central domain. The structure reveals conformational rearrangements in the central domain that accommodate the transport-segment DNA, suggesting an alternative sequence of events in which the enzyme sliding along the loosely bound religated gate segment may precede transport-segment passage through the coiled-coil gate. Supported by mutational and biochemical assays, our findings provide previously unidentified mechanistic insights and open potential avenues for the development of next-generation type IIA topoisomerase inhibitors.
リンクSci Adv / PubMed:41406217 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.03 - 3.09 Å
構造データ

61621

9jnk

EMDB-61621, PDB-9jnk:
Bacteriophage T4 topoisomerse II bound with a T-segment DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

61683

9jor

EMDB-61683, PDB-9jor:
structure of phage T4 topoisomerase II central domain bound with DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

63118

9lii

EMDB-63118, PDB-9lii:
structure of phage T4 topoisomerase II central domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

由来
  • enterobacteria phage t4 (ファージ)
  • escherichia phage t4 (ファージ)
  • dna molecule (その他)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードISOMERASE/DNA / Type IIA topoisomerase / T-segment DNA / ISOMERASE-DNA complex / ISOMERASE / topoisomerase II

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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