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タイトルCryo-EM reveals a double oligomeric ring scaffold of the CHIKV nsP3 peptide in complex with the NTF2L domain of host G3BP1.
ジャーナル・号・ページmBio, Vol. 16, Issue 5, Page e0396724, Year 2025
掲載日2025年5月14日
著者Yuanzhi Liu / Jie Wang / Yinze Han / Xiaoyan Xia / Rui Zeng / Xinyu Fan / Bo Zhang / Kaituo Wang / Jian Lei /
PubMed 要旨Chikungunya virus (CHIKV) poses a severe threat to global public health. The interaction between CHIKV nsP3 and host G3BP1 is critical for viral replication. However, the exact structural mechanism ...Chikungunya virus (CHIKV) poses a severe threat to global public health. The interaction between CHIKV nsP3 and host G3BP1 is critical for viral replication. However, the exact structural mechanism of the nsP3-G3BP1 interaction is scarce. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of an octameric-heterotrimer formed by CHIKV nsP3 peptide (designated as CHIKV-43) in complex with the nuclear translocation factor 2-like (NTF2L) domain of G3BP1. The overall structure presents a double-layer ring scaffold. Two FGDF motifs and two alpha helices of CHIKV-43 are essential to bind NTF2L. Particularly, the secondary alpha helix plays key roles in forming the CHIKV-43-NTF2L high-order oligomer. We next analyzed the detailed interactions between CHIKV-43 and the NTF2L domain. The different binding patterns of NTF2L with its various partners were described as well. Subsequently, we demonstrated that the CHIKV-43 peptide is a crucial factor for nsP3 co-localization with G3BP1, reducing stress granule formation and interfering with interferon production. Overall, our findings present the structural and functional mechanisms on CHIKV nsP3 modulating host G3BP1 and provide a potential antiviral target based on the protein-protein interaction interface.
IMPORTANCE: Chikungunya virus (CHIKV) is an arbovirus responsible for causing fever, headache, and severe joint pain in humans, with widespread outbreaks affecting millions worldwide. The CHIKV nsP3 is a key protein that interacts with multiple host proteins. In this study, we present the cryo-electron microscopy structure of a high-order oligomer formed by the CHIKV nsP3 peptide and the nuclear translocation factor 2-like (NTF2L) domain of host protein G3BP1, revealing a completely novel interaction model. The detailed interactions within this oligomer were illustrated. We also analyzed the binding patterns of the NTF2L domain of G3BP1 with its various partners, providing essential insights for the development of peptide-mimetic inhibitors targeting nsP3 and/or G3BP1. Furthermore, our data indicate that the nsP3-G3BP1 interaction reduces stress granule formation and antagonizes interferon production. Overall, this study provides new knowledge on CHIKV biology and suggests a potential target for developing antiviral therapeutics.
リンクmBio / PubMed:40214262 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.66 - 2.97 Å
構造データ

60932

9ivq

EMDB-60932, PDB-9ivq:
Cryo-EM structure of the CHIKV nsP3 peptide in complex with the NTF2L domain of G3BP1 (Conformation I)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

60933

9ivr

EMDB-60933, PDB-9ivr:
Cryo-EM structure of the CHIKV nsP3 peptide in complex with the NTF2L domain of G3BP1 (Conformation II)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

60934

9ivs

EMDB-60934, PDB-9ivs:
Cryo-EM structure of the CHIKV nsP3 peptide in complex with the NTF2L domain of G3BP1 (Conformation III)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

PDB-9j5s:
Crystal structure of human G3BP1 in complex with CHIKV nsP3 peptide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.84 Å

由来
  • chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / Chikungunya virus / nsP3 / G3BP1 / protein-protein interaction. / non-structural protein / virus-host interaction

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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