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Structure paper

タイトルUnveiling Structural Heterogeneity and Evolutionary Adaptations of Heteromultimeric Bacterioferritin Nanocages.
ジャーナル・号・ページAdv Sci (Weinh), Vol. 12, Issue 20, Page e2409957, Year 2025
掲載日2025年4月1日
著者Yingxi Li / Weiwei Wang / Wei Wang / Xing Zhang / Jinghua Chen / Haichun Gao /
PubMed 要旨Iron-storage bacterioferritins (Bfrs), existing in either homo- or hetero-multimeric form, play a crucial role in iron homeostasis. While the structure and function of homo-multimeric ...Iron-storage bacterioferritins (Bfrs), existing in either homo- or hetero-multimeric form, play a crucial role in iron homeostasis. While the structure and function of homo-multimeric bacterioferritins (homo-Bfrs) have been extensively studied, little is known about the assembly, distinctive characteristics, or evolutionary adaptations of hetero-multimeric bacterioferritins (hetero-Bfrs). Here, the cryo-EM structure and functional characterization of a bacterial hetero-Bfr (SoBfr12) are reported. Compared to homo-Bfrs, although SoBfr12 exhibits a conserved spherical cage-like dodecahedron, its pores through which ions traverse exhibit substantially increased diversity. Importantly, the heterogeneity has significant impacts on sites for ion entry, iron oxidation, and reduction. Moreover, evolutionary analyses reveal that hetero-Bfrs may represent a new class within the Bfr subfamily, consisting of two different types that may have evolved from homo-Bfr through tandem duplication and directly from ferritin (Ftn) via dispersed duplication, respectively. These results reveal remarkable structural and functional features of a hetero-Bfr, enabling the rational design of nanocages for enhanced iron-storing efficiency and for other specific purposes, such as drug delivery vehicles and nanozymes.
リンクAdv Sci (Weinh) / PubMed:40167232 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 Å
構造データ

60594

9iig

EMDB-60594, PDB-9iig:
Cryo-EM structure of hetero-bacterioferritin SoBfr12 from Shewanella oneidensis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

由来
  • shewanella oneidensis mr-1 (バクテリア)
キーワードOXIDOREDUCTASE / 24-mer bacterioferritin / metal transport / heme-binding protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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