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タイトルStructural and biochemical mechanism of short-chain enoyl-CoA hydratase (ECHS1) substrate recognition.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 8, Issue 1, Page 619, Year 2025
掲載日2025年4月16日
著者Gengchen Su / Youwei Xu / Binxian Chen / Kaide Ju / Ye Jin / Houzao Chen / Shuyang Zhang / Xiaodong Luan /
PubMed 要旨Deficiency of short-chain enoyl-CoA hydratase (ECHS1), a crucial enzyme in fatty acid metabolism through the mitochondrial β-oxidation pathway, has been strongly linked to various diseases, ...Deficiency of short-chain enoyl-CoA hydratase (ECHS1), a crucial enzyme in fatty acid metabolism through the mitochondrial β-oxidation pathway, has been strongly linked to various diseases, especially cardiomyopathy. However, the structural and biochemical mechanisms through which ECHS1 recognizes acyl-CoAs remain poorly understood. Herein, cryo-EM analysis reveals the apo structure of ECHS1 and structures of the ECHS1-crotonyl-CoA, ECHS1-acetoacetyl-CoA, ECHS1-hexanoyl-CoA, and ECHS1-octanoyl-CoA complexes at high resolutions. The mechanism through which ECHS1 recognizes its substrates varies with the fatty acid chain lengths of acyl-CoAs. Furthermore, crucial point mutations in ECHS1 have a great impact on substrate recognition, resulting in significant changes in binding affinity and enzyme activity, as do disease-related point mutations in ECHS1. The functional mechanism of ECHS1 is systematically elucidated from structural and biochemical perspectives. These findings provide a theoretical basis for subsequent work focused on determining the role of ECHS1 deficiency (ECHS1D) in the occurrence of diseases such as cardiomyopathy.
リンクCommun Biol / PubMed:40240482 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.18 - 2.55 Å
構造データ

60405

8zru

EMDB-60405, PDB-8zru:
Structure of human ECHS1 in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.18 Å

60406

8zrv

EMDB-60406, PDB-8zrv:
Structure of human ECHS1 in complex with Hexanoyl-CoA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.55 Å

60407

8zrw

EMDB-60407, PDB-8zrw:
Structure of human ECHS1 in complex with Octanoyl-CoA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.29 Å

60408

8zrx

EMDB-60408, PDB-8zrx:
Structure of human ECHS1 in complex with Acetoacetyl-CoA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.27 Å

60409

8zry

EMDB-60409, PDB-8zry:
Structure of human ECHS1 in complex with Crotonoyl-CoA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.23 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HXC:
HEXANOYL-COENZYME A / ヘキサノイルCoA

ChemComp-CO8:
OCTANOYL-COENZYME A / オクタノイル-CoA

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CAA:
ACETOACETYL-COENZYME A / 3-オキソブチリルCoA

PDB-1d88:
CONFORMATIONAL INFLUENCE OF THE RIBOSE 2'-HYDROXYL GROUP: CRYSTAL STRUCTURES OF DNA-RNA CHIMERIC DUPLEXES

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE / ECHS1 / Hexanoyl-CoA / Octanoyl-CoA / Acetoacetyl-CoA / Crotonoyl-CoA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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