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タイトルAtomic structure of the 75 MDa extremophile Sulfolobus turreted icosahedral virus determined by CryoEM and X-ray crystallography.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 110, Issue 14, Page 5504-5509, Year 2013
掲載日2013年4月2日
著者David Veesler / Thiam-Seng Ng / Anoop K Sendamarai / Brian J Eilers / C Martin Lawrence / Shee-Mei Lok / Mark J Young / John E Johnson / Chi-yu Fu /
PubMed 要旨Sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV) was isolated in acidic hot springs where it infects the archeon Sulfolobus solfataricus. We determined the STIV structure using near-atomic resolution ...Sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV) was isolated in acidic hot springs where it infects the archeon Sulfolobus solfataricus. We determined the STIV structure using near-atomic resolution electron microscopy and X-ray crystallography allowing tracing of structural polypeptide chains and visualization of transmembrane proteins embedded in the viral membrane. We propose that the vertex complexes orchestrate virion assembly by coordinating interactions of the membrane and various protein components involved. STIV shares the same coat subunit and penton base protein folds as some eukaryotic and bacterial viruses, suggesting that they derive from a common ancestor predating the divergence of the three kingdoms of life. One architectural motif (β-jelly roll fold) forms virtually the entire capsid (distributed in three different gene products), indicating that a single ancestral protein module may have been at the origin of its evolution.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:23520050 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.4 - 4.5 Å
構造データ

5584

3j31

EMDB-5584, PDB-3j31:
Life in the extremes: atomic structure of Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

PDB-4il7:
Crystal structure of A223 C-terminal domain, a structural protein from sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • sulfolobus turreted icosahedral virus (ウイルス)
キーワードVIRUS (ウイルス) / Virus assembly (ウイルス) / Evolution (進化) / Archaea (古細菌) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / partial jelly roll fold / hypothetical protein / C381 and B345 / Viral Capsid (カプシド)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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