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タイトルStructural mechanism of trimeric HIV-1 envelope glycoprotein activation.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 8, Issue 7, Page e1002797, Year 2012
掲載日2012年7月12日
著者Erin E H Tran / Mario J Borgnia / Oleg Kuybeda / David M Schauder / Alberto Bartesaghi / Gabriel A Frank / Guillermo Sapiro / Jacqueline L S Milne / Sriram Subramaniam /
PubMed 要旨HIV-1 infection begins with the binding of trimeric viral envelope glycoproteins (Env) to CD4 and a co-receptor on target T-cells. Understanding how these ligands influence the structure of Env is of ...HIV-1 infection begins with the binding of trimeric viral envelope glycoproteins (Env) to CD4 and a co-receptor on target T-cells. Understanding how these ligands influence the structure of Env is of fundamental interest for HIV vaccine development. Using cryo-electron microscopy, we describe the contrasting structural outcomes of trimeric Env binding to soluble CD4, to the broadly neutralizing, CD4-binding site antibodies VRC01, VRC03 and b12, or to the monoclonal antibody 17b, a co-receptor mimic. Binding of trimeric HIV-1 BaL Env to either soluble CD4 or 17b alone, is sufficient to trigger formation of the open quaternary conformation of Env. In contrast, VRC01 locks Env in the closed state, while b12 binding requires a partial opening in the quaternary structure of trimeric Env. Our results show that, despite general similarities in regions of the HIV-1 gp120 polypeptide that contact CD4, VRC01, VRC03 and b12, there are important differences in quaternary structures of the complexes these ligands form on native trimeric Env, and potentially explain differences in the neutralizing breadth and potency of antibodies with similar specificities. From cryo-electron microscopic analysis at ∼9 Å resolution of a cleaved, soluble version of trimeric Env, we show that a structural signature of the open Env conformation is a three-helix motif composed of α-helical segments derived from highly conserved, non-glycosylated N-terminal regions of the gp41 trimer. The three N-terminal gp41 helices in this novel, activated Env conformation are held apart by their interactions with the rest of Env, and are less compactly packed than in the post-fusion, six-helix bundle state. These findings suggest a new structural template for designing immunogens that can elicit antibodies targeting HIV at a vulnerable, pre-entry stage.
リンクPLoS Pathog / PubMed:22807678 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度8.8 - 28.0 Å
構造データ

EMDB-5455:
Cryo-electron tomography of native, trimeric HIV-1 BaL Env in complex with soluble 2-domain CD4
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-5456:
Cryo-electron tomography of native, trimeric HIV-1 BaL Env in complex with 17b IgG
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-5457:
Cryo-electron tomography of native, trimeric HIV-1 BaL Env in complex with VRC01 IgG
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-5458:
Cryo-electron tomography of native, trimeric HIV-1 BaL Env in complex with VRC03 IgG
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-5459:
Cryo-electron tomography of native, trimeric HIV-1 BaL Env in complex with VRC02 Fab
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-5460:
Cryo-electron tomography of native, trimeric HIV-1 BaL Env in complex with VRC02 IgG
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-5461:
Cryo-electron tomography of native, trimeric HIV-1 BaL Env in complex with VRC01 IgG and 17b IgG
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-5462:
Cryo-electron tomography of a trimeric soluble HIV Env construct, gp140 SOSIP, in complex with Fab 17b
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.8 Å

由来
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • unidentified (未定義)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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