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タイトルArchitecture and conformational dynamics of the BAM-SurA holo insertase complex.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 14, Page eads6094, Year 2025
掲載日2025年4月4日
著者Philippe A Lehner / Morris Degen / Roman P Jakob / Seyed Majed Modaresi / Morgane Callon / Björn M Burmann / Timm Maier / Sebastian Hiller /
PubMed 要旨The proper folding of outer membrane proteins in Gram-negative bacteria relies on their delivery to the β-barrel assembly machinery (BAM) complex. The mechanism by which survival protein A (SurA), ...The proper folding of outer membrane proteins in Gram-negative bacteria relies on their delivery to the β-barrel assembly machinery (BAM) complex. The mechanism by which survival protein A (SurA), the major periplasmic chaperone, facilitates this process is not well understood. We determine the structure of the holo insertase complex, where SurA binds BAM for substrate delivery. High-resolution cryo-electron microscopy structures of four different states and a three-dimensional variability analysis show that the holo insertase complex has a large motional spectrum. SurA bound to BAM can undergo a large swinging motion between two states. This motion is uncoupled from the conformational flexibility of the BamA barrel, which can open and close without affecting SurA binding. Notably, we observed conformational coupling of the SurA swing state and the carboxyl-terminal helix grip domain of BamC. Substrate delivery by SurA to BAM appears to follow a concerted motion that encodes a gated delivery pathway through the BAM accessory proteins to the membrane entry site.
リンクSci Adv / PubMed:40184469 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.73 - 3.62 Å
構造データ

52127

9hg6

EMDB-52127, PDB-9hg6:
BAM-SurA complex in the swing-in state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

52128

9hg5

EMDB-52128, PDB-9hg5:
BAM-SurA complex in the swing-in state with full length BamC resolved
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

52129

9hg7

EMDB-52129, PDB-9hg7:
BAM-SurA complex in the swing-out state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

52130

9hg8

EMDB-52130, PDB-9hg8:
BAM-SurA complex in the swing-out state with BamC resolved
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

52131

9hg9

EMDB-52131, PDB-9hg9:
BAM-SurA-darobactin complex in the swing-in state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

52132

9hga

EMDB-52132, PDB-9hga:
BAM-SurA-darobactin complex in the swing-out state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • photorhabdus (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / insertase / outer membrane protein / chaperone / protein folding / protein complex / darobactin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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