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Structure paper

タイトルZernike phase contrast cryo-electron microscopy and tomography for structure determination at nanometer and subnanometer resolutions.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 18, Issue 8, Page 903-912, Year 2010
掲載日2010年8月11日
著者Kazuyoshi Murata / Xiangan Liu / Radostin Danev / Joanita Jakana / Michael F Schmid / Jonathan King / Kuniaki Nagayama / Wah Chiu /
PubMed 要旨Zernike phase contrast cryo-electron microscopy (ZPC-cryoEM) is an emerging technique that is capable of producing higher image contrast than conventional cryoEM. By combining this technique with ...Zernike phase contrast cryo-electron microscopy (ZPC-cryoEM) is an emerging technique that is capable of producing higher image contrast than conventional cryoEM. By combining this technique with advanced image processing methods, we achieved subnanometer resolution for two biological specimens: 2D bacteriorhodopsin crystal and epsilon15 bacteriophage. For an asymmetric reconstruction of epsilon15 bacteriophage, ZPC-cryoEM can reduce the required amount of data by a factor of approximately 3, compared with conventional cryoEM. The reconstruction was carried out to 13 A resolution without the need to correct the contrast transfer function. New structural features at the portal vertex of the epsilon15 bacteriophage are revealed in this reconstruction. Using ZPC cryo-electron tomography (ZPC-cryoET), a similar level of data reduction and higher resolution structures of epsilon15 bacteriophage can be obtained relative to conventional cryoET. These results show quantitatively the benefits of ZPC-cryoEM and ZPC-cryoET for structural determinations of macromolecular machines at nanometer and subnanometer resolutions.
リンクStructure / PubMed:20696391 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度9.0 - 38.0 Å
構造データ

EMDB-5203:
Subtomogram average of epsilon15 using Zernike phase contrast microscopy
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 32.0 Å

EMDB-5204:
Average of 50 Epsilon15 subtomograms using electron cryo-tomography
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 38.0 Å

EMDB-5206:
Epsilon15 icosahedral reconstruction using Zernike phase contrast electron microscopy
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.0 Å

EMDB-5207:
Epsilon15 asymmetric reconstruction using Zernike phase contrast electron microscopy
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.0 Å

EMDB-5208:
Epsilon15 asymmetric reconstruction using Zernike phase contrast electron microscopy (100 particles)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-5209:
Epsilon15 asymmetric reconstruction using conventional cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.0 Å

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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