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タイトルStructure of the tilapia lake virus nucleoprotein bound to RNA.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 53, Issue 4, Year 2025
掲載日2025年2月8日
著者Benoît Arragain / Martin Pelosse / Karine Huard / Stephen Cusack /
PubMed 要旨Tilapia Lake virus (TiLV) belongs to the Amnoonviridae family within the Articulavirales order of segmented negative-strand RNA viruses and is highly diverged from more familiar orthomyxoviruses, ...Tilapia Lake virus (TiLV) belongs to the Amnoonviridae family within the Articulavirales order of segmented negative-strand RNA viruses and is highly diverged from more familiar orthomyxoviruses, such as influenza. The viral nucleoprotein (NP), a key component of the replication machinery, packages the viral genome into protective ribonucleoprotein particles. Here we describe the electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure of TiLV-NP bound to RNA within in vitro reconstituted, small ring-like, pseudo-symmetrical oligomers. Although TiLV-NP is considerably smaller than its influenza counterpart and unrelated in sequence, it maintains the same topology and domain organisation. This comprises a head and body domain between which is a positively charged groove, where single-stranded RNA binds. In addition, an oligomerisation loop inserts into a hydrophobic pocket in the neighbouring NP, the flexible hinges of which allow variable orientation of adjacent NPs. Focused cryo-EM maps unambiguously define the 5' to 3' direction of the bound RNA, confirmed by double stranded, A-form RNA regions that extrude out from some of the NP-NP interfaces. This is the first fully resolved description of how single-stranded and stem-loop RNA binds to an articulaviral NP assembly. Superposition with orthomyxoviral NPs suggest that the mode of RNA binding is likely similar across the Articulavirales order.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:39995042 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.68 Å
構造データ

52027

9hbr

EMDB-52027, PDB-9hbr:
TiLV-NP pentamer (pseudo-C5) (local refinement around 2 TiLV-NPs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

52028

9hbs

EMDB-52028, PDB-9hbs:
TiLV-NP tetramer (pseudo-C2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.68 Å

52029

9hbt

EMDB-52029, PDB-9hbt:
TiLV-NP pentamer (pseudo-C5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

52030

9hbu

EMDB-52030, PDB-9hbu:
TiLV-NP tetramer (pseudo-C2) (local refinement around 2 TiLV-NPs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.51 Å

52031

9hbv

EMDB-52031, PDB-9hbv:
TiLV-NP tetramer (pseudo-C4) (local refinement around 2 TiLV-NPs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

52032

9hbw

EMDB-52032, PDB-9hbw:
TiLV-NP tetramer (pseudo-C4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

52033

9hbx

EMDB-52033, PDB-9hbx:
TiLV-NP hexamer (pseudo-C6) (local refinement around 2 TiLV-NPs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

52034

9hby

EMDB-52034, PDB-9hby:
TiLV-NP hexamer (pseudo-C6) (local refinement around 3 TiLV-NPs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

52035

9hbz

EMDB-52035, PDB-9hbz:
TiLV-NP hexamer (pseudo-C6)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

由来
  • tilapia lake virus (ウイルス)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Viral protein / nucleoprotein / oligomer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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