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万見
- EMDB-52028: TiLV-NP tetramer (pseudo-C2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52028
タイトルTiLV-NP tetramer (pseudo-C2)
マップデータ
試料
  • 複合体: TiLV-NP bound to the 40-mer vRNA loop
    • タンパク質・ペプチド: Tilapia Lake Virus nucleoprotein (segment 4)
    • DNA: 40-mer vRNA loop
キーワードViral protein / nucleoprotein / oligomer / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Tilapia lake virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Arragain B / Cusack S
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Other government フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Structure of the tilapia lake virus nucleoprotein bound to RNA.
著者: Benoît Arragain / Martin Pelosse / Karine Huard / Stephen Cusack /
要旨: Tilapia Lake virus (TiLV) belongs to the Amnoonviridae family within the Articulavirales order of segmented negative-strand RNA viruses and is highly diverged from more familiar orthomyxoviruses, ...Tilapia Lake virus (TiLV) belongs to the Amnoonviridae family within the Articulavirales order of segmented negative-strand RNA viruses and is highly diverged from more familiar orthomyxoviruses, such as influenza. The viral nucleoprotein (NP), a key component of the replication machinery, packages the viral genome into protective ribonucleoprotein particles. Here we describe the electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure of TiLV-NP bound to RNA within in vitro reconstituted, small ring-like, pseudo-symmetrical oligomers. Although TiLV-NP is considerably smaller than its influenza counterpart and unrelated in sequence, it maintains the same topology and domain organisation. This comprises a head and body domain between which is a positively charged groove, where single-stranded RNA binds. In addition, an oligomerisation loop inserts into a hydrophobic pocket in the neighbouring NP, the flexible hinges of which allow variable orientation of adjacent NPs. Focused cryo-EM maps unambiguously define the 5' to 3' direction of the bound RNA, confirmed by double stranded, A-form RNA regions that extrude out from some of the NP-NP interfaces. This is the first fully resolved description of how single-stranded and stem-loop RNA binds to an articulaviral NP assembly. Superposition with orthomyxoviral NPs suggest that the mode of RNA binding is likely similar across the Articulavirales order.
履歴
登録2024年11月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52028.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52028.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 340 pix.
= 279.48 Å		0.82 Å/pix.
x 340 pix.
= 279.48 Å		0.82 Å/pix.
x 340 pix.
= 279.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.47739398 - 0.63462204
平均 (標準偏差)-0.00009381915 (±0.007961761)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 279.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52028_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_52028_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52028_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52028_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TiLV-NP bound to the 40-mer vRNA loop

全体名称: TiLV-NP bound to the 40-mer vRNA loop
要素
  • 複合体: TiLV-NP bound to the 40-mer vRNA loop
    • タンパク質・ペプチド: Tilapia Lake Virus nucleoprotein (segment 4)
    • DNA: 40-mer vRNA loop

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超分子 #1: TiLV-NP bound to the 40-mer vRNA loop

超分子名称: TiLV-NP bound to the 40-mer vRNA loop / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Tilapia lake virus (ウイルス)

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分子 #1: Tilapia Lake Virus nucleoprotein (segment 4)

分子名称: Tilapia Lake Virus nucleoprotein (segment 4) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tilapia lake virus (ウイルス)
分子量理論値: 38.387129 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVRTTKTSMA AASTVAPEVA MDEGSPSTSQ AQVELPRNLE VFNEACGHVF GSSFNREDNS VISDAAAFLF KMHTHSLDGQ EAKVLRASE KKRERENAKK SRKAPEAGMR VGRSLILTSR WTEYCATCVP ALGSKMKVIK ASGDAAMIQM MKDHNSLLRV C VRIEVWKA ...文字列:
MVRTTKTSMA AASTVAPEVA MDEGSPSTSQ AQVELPRNLE VFNEACGHVF GSSFNREDNS VISDAAAFLF KMHTHSLDGQ EAKVLRASE KKRERENAKK SRKAPEAGMR VGRSLILTSR WTEYCATCVP ALGSKMKVIK ASGDAAMIQM MKDHNSLLRV C VRIEVWKA RYVSLVALDE RIQTLEDAQW FPYLSGDSYR ACPGLVGGYF AKKAAAGERG KNYKKLNQTA IIPPPRFLII GH RLQIGDQ VTLRELLASI AWGLCDGVLA ECWSPSQGDG SIGVVVGLPL QATGSCFLVV ASHGLSAIAD SRIEGTGNTN LLE ECIAIQ KQDGVIKCKR SGKSLYHCLK ETAGAVGR

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: 40-mer vRNA loop

分子名称: 40-mer vRNA loop / タイプ: dna / ID: 2
詳細: The RNA sequence (40-mer vRNA loop) is 5' - pGCA AAU CUU UCU CAC GUC CUG ACU UGU GAG UAA AAU UUG G - 3'. Due to the inability to precisely define bases, the exact nucleotide register remains ...詳細: The RNA sequence (40-mer vRNA loop) is 5' - pGCA AAU CUU UCU CAC GUC CUG ACU UGU GAG UAA AAU UUG G - 3'. Due to the inability to precisely define bases, the exact nucleotide register remains elusive. Thus, in the modelling, generic purines (P5P) and generic pyrimidines (Y5P) were assigned based on apparent base size.
コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Tilapia lake virus (ウイルス)
分子量理論値: 11.210172 KDa
配列文字列:
(P5P)(P5P)(P5P)(P5P)(P5P)(Y5P)(Y5P)(Y5P)(P5P)(Y5P) (Y5P)(Y5P)(Y5P)(Y5P)(P5P)(Y5P) (P5P)(Y5P)(Y5P) (Y5P)(P5P)(P5P)(Y5P)(P5P)(Y5P)(P5P)(P5P)(P5P)(P5P) (P5P)(P5P)(P5P) (P5P)(Y5P)(Y5P)(Y5P)(Y5P)(P5P)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 319609
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9hbs:
TiLV-NP tetramer (pseudo-C2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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