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タイトルNon-nucleosomal (CENP-A/H4) - DNA complexes as a possible platform for centromere organization.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2025
掲載日2025年1月1日
著者Ahmad Ali-Ahmad / Mira Mors / Manuel Carrer / Xinmeng Li / Silvija Bilokapić / Mario Halić / Michele Cascella / Nikolina Sekulić /
PubMed 要旨The centromere is a part of the chromosome that is essential for the even segregation of duplicated chromosomes during cell division. It is epigenetically defined by the presence of the histone H3 ...The centromere is a part of the chromosome that is essential for the even segregation of duplicated chromosomes during cell division. It is epigenetically defined by the presence of the histone H3 variant CENP-A. CENP-A associates specifically with a group of 16 proteins that form the centromere-associated network of proteins (CCAN). In mitosis, the kinetochore forms on the CCAN to connect the duplicated chromosomes to the microtubules protruding from the cell poles. Previous studies have shown that CENP-A replaces H3 in nucleosomes, and recently the structures of CENP-A-containing nucleosomes in complex with CCANs have been revealed, but they show only a limited interaction between CCANs and CENP-A. Here, we report the cryoEM structure of 2x(CENP-A/H4)-di-tetramers assembled on DNA in the absence of H2A/H2B histone dimer and speculate how (CENP-A/H4)-tetramers and -di-tetramers might serve as a platform for CCAN organization.
リンクbioRxiv / PubMed:39803555 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.75 - 7.01 Å
構造データ

51645

9gxa

EMDB-51645, PDB-9gxa:
CENP-A/H4 di-tetrasome assembled on alpha-satellite DNA.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.01 Å

EMDB-51646: H3/H4 di-tetrasome assembled on alpha-satellite DNA (closed conformation).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.82 Å

EMDB-51647: H3/H4 di-tetrasome assembled on alpha-satellite DNA (open conformation).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

EMDB-51656: CENP-A/H4 tetra-tetrasome assembled on 342 bp alpha-satellite DNA.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.01 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CENP-A/H4 / di-tetrasome / nucleosome / centromere / CENP-A / Human / Cell division.

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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