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タイトルMetal-induced conformational changes in the Sabiá virus spike complex.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 10, Issue 9, Page 2221-2230, Year 2025
掲載日2025年8月1日
著者Hadas Cohen-Dvashi / Michael Katz / Ron Diskin /
PubMed 要旨Haemorrhagic fever viruses from the Arenaviridae are a source of concern owing to their potential to cause lethal outbreaks and the lack of effective therapeutics. While structures of spike proteins ...Haemorrhagic fever viruses from the Arenaviridae are a source of concern owing to their potential to cause lethal outbreaks and the lack of effective therapeutics. While structures of spike proteins from 'Old World' arenaviruses are available, the differences and similarities to 'New World' arenaviruses, such as the Sabiá virus, remain unclear owing to the lack of New World spike structures. Here we present the structure of the isolated spike complex from the Sabiá virus, which mediates viral attachment and entry to the host cells, using single-particle cryo-electron microscopy. We find two distinct conformational states of the spike, representing its native closed state at 2.6 Å resolution and an open state at 2.9 Å resolution that it assumes during cell entry. In addition, we show that the opening of the spike and subsequent cell entry are dependent on acidic pH and an unidentified metal ion. Our study suggests potential differences in the cell entry mechanisms of clade B arenaviruses compared with others in the Arenaviridae family.
リンクNat Microbiol / PubMed:40751015
手法EM (単粒子)
解像度2.44 - 2.92 Å
構造データ

50862

9fya

EMDB-50862, PDB-9fya:
Structure of the Sabia Virus spike complex in a closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

50864

9fye

EMDB-50864: Structure of the Sabia Virus spike complex in a closed conformation
PDB-9fye: Structure of the Sabia Virus spike complex in an open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.92 Å

50865

9fyg

EMDB-50865, PDB-9fyg:
Structure of the Sabia Virus spike complex H157M mutant in a closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.44 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-K:
Unknown entry

由来
  • sabia virus (サビアウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Class-I spike complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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