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タイトルVisualization of the eEF2-80S ribosome transition-state complex by cryo-electron microscopy.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 382, Issue 1, Page 179-187, Year 2008
掲載日2008年9月26日
著者Jayati Sengupta / Jakob Nilsson / Richard Gursky / Morten Kjeldgaard / Poul Nissen / Joachim Frank /
PubMed 要旨In an attempt to understand ribosome-induced GTP hydrolysis on eEF2, we determined a 12.6-A cryo-electron microscopy reconstruction of the eEF2-bound 80S ribosome in the presence of aluminum ...In an attempt to understand ribosome-induced GTP hydrolysis on eEF2, we determined a 12.6-A cryo-electron microscopy reconstruction of the eEF2-bound 80S ribosome in the presence of aluminum tetrafluoride and GDP, with aluminum tetrafluoride mimicking the gamma-phosphate during hydrolysis. This is the first visualization of a structure representing a transition-state complex on the ribosome. Tight interactions are observed between the factor's G domain and the large ribosomal subunit, as well as between domain IV and an intersubunit bridge. In contrast, some of the domains of eEF2 implicated in small subunit binding display a large degree of flexibility. Furthermore, we find support for a transition-state model conformation of the switch I region in this complex where the reoriented switch I region interacts with a conserved rRNA region of the 40S subunit formed by loops of the 18S RNA helices 8 and 14. This complex is structurally distinct from the eEF2-bound 80S ribosome complexes previously reported, and analysis of this map sheds light on the GTPase-coupled translocation mechanism.
リンクJ Mol Biol / PubMed:18644383 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度12.6 - 15.3 Å
構造データ

5015

3dwu

EMDB-5015: A 12.6A cryo-EM map of the 80S.eEF2.AlF4-GDP complex
PDB-3dwu: Transition-state model conformation of the switch I region fitted into the cryo-EM map of the eEF2.80S.AlF4.GDP complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.6 Å

EMDB-5016:
15.3A eEF2-80S Ribosome Transition State Complex by Cryo-electron Microscopy
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.3 Å

5017

3dny

3dwu

EMDB-5017: Segmented eEF2 density from the cryo-EM map of eEF2-bound 80S complex
PDB-3dny: Fitting of the eEF2 crystal structure into the cryo-EM density map of the eEF2.80S.AlF4-.GDP complex
PDB-3dwu: Transition-state model conformation of the switch I region fitted into the cryo-EM map of the eEF2.80S.AlF4.GDP complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.6 Å

由来
  • Thermomyces lanuginosus (菌類)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • thermus thermophilus hb8 (バクテリア)
キーワードCELL CYCLE / eEF2 transition state complex / 80S Ribosome / AlF4- / GDP / GTPase / Translocation / Elongation factor / GTP-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Protein biosynthesis / RNA-binding / rRNA-binding / BIOSYNTHETIC PROTEIN / Transition state / conserved switch I / Antibiotic resistance / Membrane / Methylation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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