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Structure paper

タイトルCommunication between DNA polymerases and Replication Protein A within the archaeal replisome.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 10926, Year 2024
掲載日2024年12月30日
著者Markel Martínez-Carranza / Léa Vialle / Clément Madru / Florence Cordier / Ayten Dizkirici Tekpinar / Ahmed Haouz / Pierre Legrand / Rémy A Le Meur / Patrick England / Rémi Dulermo / J Iñaki Guijarro / Ghislaine Henneke / Ludovic Sauguet /
PubMed 要旨Replication Protein A (RPA) plays a pivotal role in DNA replication by coating and protecting exposed single-stranded DNA, and acting as a molecular hub that recruits additional replication factors. ...Replication Protein A (RPA) plays a pivotal role in DNA replication by coating and protecting exposed single-stranded DNA, and acting as a molecular hub that recruits additional replication factors. We demonstrate that archaeal RPA hosts a winged-helix domain (WH) that interacts with two key actors of the replisome: the DNA primase (PriSL) and the replicative DNA polymerase (PolD). Using an integrative structural biology approach, combining nuclear magnetic resonance, X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, we unveil how RPA interacts with PriSL and PolD through two distinct surfaces of the WH domain: an evolutionarily conserved interface and a novel binding site. Finally, RPA is shown to stimulate the activity of PriSL in a WH-dependent manner. This study provides a molecular understanding of the WH-mediated regulatory activity in central replication factors such as RPA, which regulate genome maintenance in Archaea and Eukaryotes.
リンクNat Commun / PubMed:39738083 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折 / NMR (溶液)
解像度1.85 - 3.501 Å
構造データ

50140

9f29

EMDB-50140, PDB-9f29:
Pyrococcus abyssi PolD in complex with Rpa2 winged-helix domain class 1 (composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

EMDB-50141: Pyrococcus abyssi PolD-Rpa2 winged helix domain complex class 1 main component map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-50142: Pyrococcus abyssi PolD-Rpa2 winged helix domain complex class 1 DP1 subunit local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

50143

9f2a

EMDB-50143, PDB-9f2a:
Pyrococcus abyssi PolD in complex with Rpa2 winged-helix domain class 2 (composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

EMDB-50144: Pyrococcus abyssi PolD-Rpa2 winged helix domain complex class 2 main component map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-50145: Pyrococcus abyssi PolD-Rpa2 winged helix domain complex class 2 DP1 subunit local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

PDB-9f26:
Crystal structure of the PriS_PriL-Rpa2WH ternary complex from P. abyssi
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.501 Å

PDB-9f27:
Solution structure of the Pyrococcus abyssi Rpa2 winged-helix domain
手法: SOLUTION NMR

PDB-9f28:
Crystal structure of the heterodimeric primase from pyrococcus abyssi (deletion of the PriL-CTD domain)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-FMT:
FORMIC ACID / ギ酸

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-FE:
Unknown entry

由来
  • pyrococcus abyssi ge5 (古細菌)
  • pyrococcus abyssi (古細菌)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Replication protein A / ssDNA-Binding protein / REPLICATION / Winged-helix domain / Polymerase PolD interaction / Primase PriSL interaction / Disordered linker / DNA primase / PriS / PriL / DNA Polymerase / Archaea / RPA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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