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タイトルStructural insights into MERS and SARS coronavirus membrane proteins.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 8, Issue 1, Page 1651, Year 2025
掲載日2025年11月24日
著者Mandeep Kaur Mann / Yanting Yin / Simone Marsili / Jiexiong Xie / Jordi Doijen / Robyn Miller / Madison Piassek / Nick van den Broeck / Christopher Kinyanjui Kariuki / Heidi L M de Gruyter / Anouk A Leijs / Eric J Snijder / Martijn J van Hemert / Ken Keustermans / Michiel Van Gool / Xiaodi Yu / Marnix van Loock / Anil Koul / Sujata Sharma / Ellen Van Damme / Pravien Abeywickrema /
PubMed 要旨The membrane (M) protein of coronaviruses is essential for maintaining structural integrity during membrane virion budding and viral pathogenesis. Given its high conservation in lineages within the ...The membrane (M) protein of coronaviruses is essential for maintaining structural integrity during membrane virion budding and viral pathogenesis. Given its high conservation in lineages within the betacoronavirus genus, such as sarbecoviruses, the M protein presents as an attractive therapeutic target; however, developing broad-spectrum antivirals targeting coronaviruses such as MERS-CoV is challenging due to lower sequence conservation and limited structural information available beyond that of the SARS-CoV-2 M protein. In this study, we report 3-3.2 Å resolution structures of MERS-CoV M protein, engineered with a SARS-CoV-2-like antibody interface, representing the first human merbecovirus M protein structure, and SARS-CoV M protein structures, with and without a previously identified SARS-CoV-2 M protein inhibitor, JNJ-9676. We highlight the structural differences between the MERS-CoV, SARS-CoV and SARS-CoV-2 M proteins, and present insights into the conservation of the JNJ-9676 binding pocket as well as key differences that could be targeted to accelerate the design of specific MERS-CoV and broad-spectrum antivirals targeting coronavirus M proteins.
リンクCommun Biol / PubMed:41286109 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.07 - 3.23 Å
構造データ

49949

9nz3

EMDB-49949, PDB-9nz3:
SARS-CoV M protein dimer in complex with JNJ-9676 and FAb B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

49950

9nz4

EMDB-49950, PDB-9nz4:
SARS-CoV M protein dimer in complex with FAb B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

49951

9nz5

EMDB-49951, PDB-9nz5:
MERSmut-CoV M protein dimer in complex with FAb B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

化合物

PDB-1ae8:
HUMAN ALPHA-THROMBIN INHIBITION BY EOC-D-PHE-PRO-AZALYS-ONP

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • sars-cov-2 pseudovirus (ウイルス)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
  • middle east respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / M protein / SARS-CoV-2 / inhibitor bound complex / viral protein / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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